Что мы точно знаем об этом неолитическом народе, так это то, что эти люди умели находить и извлекать воду. На северо-западном краю Акрополя были найдены около двадцати двух неглубоких колодцев, которые датируются периодом между 3500 и 3000 гг. до н. э. В следующем тысячелетии те общества, которые вырыли эти колодцы, исчезли, но в среднем бронзовом веке, после 2000 г. до н. э., человеческое поселение возникает снова, а где-то между 1400 и 1300 гг. до н. э. Афины начинают играть роль в великой микенской цивилизации, расцветшей в виде царских дворов, рассеянных по всему греческому миру.
Укрепленный дворец на афинском Акрополе не был величайшим из этих дворов, но к 1250 г. до н. э. он мог похвастаться весьма солидными оборонительными стенами, до 10 метров в высоту и до 5 метров в толщину; части этих стен можно видеть до сих пор. Эти громадные груды валунов называют циклопической кладкой, потому что позднейшим поколениям казалось, что сложить их могли только мифические великаны, подобные одноглазому циклопу, описанному в эпической поэзии Гомера. Художники изображают этот дворец в виде величественного многоэтажного комплекса, в котором царь распоряжался загруженными работой чиновниками, а также подвозом, обработкой и вывозом всевозможных товаров. Но это лишь догадки, основанные на найденных оборонительных сооружениях и фундаменте грандиозного здания.
По всей вероятности, правитель Афин микенского периода не управлял даже окрестной Аттикой, где были выявлены несколько разных владений, в каждом из которых были особые похоронные ритуалы. Некоторые из этих соседних миниатюрных царств богатели на экспорте серебра и свинца из рудников в Лаврионе на юге Аттики. Однако, судя по скудности афинских артефактов и захоронений, в микенский период Афин такое процветание не коснулось.
На северо-западной стороне Акрополя есть один особенно интересный колодец, известный под названием Микенского источника. Он находится на дне головокружительной 35-метровой расселины, образовавшейся, когда от поверхности отделился кусок скалы. Около 1200 г. до н. э. была построена лестница из восьми пролетов, отчасти деревянных, а отчасти каменных, по которой те, кому хватало храбрости, могли спуститься к колодцу. Судя по всему, им пользовались в течение всего двадцати пяти лет, после чего шахта обрушилась.