Эта война стала неудачной и оказала огромное влияние на все дальнейшее царствование Ивана IV. Ливонский Орден был разгромлен быстро. Однако на его земли предъявили претензии Речь Посполитая (до 1569 года – Великое княжество Литовское), Дания и Швеция. Иван Грозный не захотел с ними делиться. Война с этими противниками Московского государства продлилась четверть века. Все действия царя во внутренней политике в это время можно рассматривать как спонтанную реакцию на неудачно пошедшую войну. Иван Грозный видел корни неудач во внутренней крамоле и всю жизнь искал вокруг себя заговорщиков.
На характер царя также повлияла неожиданная смерть его молодой любимой жены. До конца жизни Иван IV был уверен в том, что ее отравили тайные враги.
Подозрительность царя росла и совпала с распадом Избранной рады, и начались очередные казни Ивана IV. Адашева и Сильвестра постигла опала, первый умер в тюрьме, второй удалился в монастырь. В 1564 году на сторону противника перебежал, убоявшись казни, Андрей Курбский.
В декабре 1564 года вся Москва была в смятении: царь собрался на богомолье – посещение святых мест и монастырей. С семьей и домочадцами, с небольшим количеством слуг Иван IV покинул столицу, осиротив, по тогдашним понятиям, москвичей.
После посещения Троице-Сергиевого монастыря царь отправился в Александровскую слободу. Оттуда он прислал в столицу две грамоты, согласно которым Иван IV отказывался от престола. Одна была обращена к простым людям и гласила, что царь не держит на них зла. Вторая адресовалась к боярской думе и синклиту высшего духовенства. Они обвинялись царем в том, что покрывают злоумышленников против государства и крамольников.
Обе грамоты были всенародно зачитаны на площадях Москвы. Назревал мятеж. Народ был готов избивать бояр и епископов. Те были вынуждены бить государю челом, молить его вернуться в Москву и «класть свой гнев на крамольников» без ограничения.
Историки до сих ищут причины этой комедии с отъездом из столицы. Неужели царь и так не мог получить в свои руки неограниченную власть против тех, кто казался ему изменниками? Видимо, не мог либо считал эту власть недостаточной без такого шага.
Как бы то ни было, царь потребовал выделить себе в непосредственное управление особый удел, который назвал так, как называлась вдовья доля в наследстве, – опричнина. На этой территории царь создал свою Думу, свои приказы, свое особое опричное войско. На остальной территории государства действовали прежняя боярская дума, приказы и т. д. Эта территория называлась земщиной.