В ответ на это Никодим выразил свое возражение: человек не может изменить себя сам, человек не может родиться заново физически. В материальном смысле говорить о втором рождении действительно бессмысленно. Иисус здесь пояснил, что имел в виду духовную природу человека: «Рожденное от плоти есть плоть, а рожденное от Духа есть Дух». Поясняя этот вопрос, Иисус сказал, что глазами плоти можно увидеть лишь проявления Духа, но не сам Дух: «Ветер дует, где хочет. Ты слышишь звук, но не можешь определить, откуда он приходит и куда уходит. Так же и с каждым рожденным от Духа». Мы не видим ветер, но можем слышать и даже видеть, как под его воздействием колышется листва на деревьях.
Реплика Никодима «Как это может быть?», по сути, означает: «В это невозможно поверить». Иисус ответил, что во Вселенной есть много вещей, в которые человек вряд ли поверит сразу: например, что сам Иисус пришел на землю свыше, что Он лишь сообщает информацию о реальном устройстве мира и человека. Устройство человека таково, что его «я» формируется много лет посредством разных обстоятельств и в разных условиях. Однако, как только человек изъявляет желание последовать учению Иисуса и объединиться с Богом, его «я» таинственным образом переносится на «территорию Царства Бога», где он видит мир и себя совершенно иначе. Без этого человек духовно мертв: он живет лишь за счет органов чувств и умственных рефлексий, порожденных этим материальным миром. Когда человек рождается свыше, он получает возможность жить на верхних этажах сознания и поддерживать свою жизнь за счет духовной энергии от Бога.
Вера – лишь начало духовной жизни. После исповедания веры человек должен дать согласие на изменение своего «я», затем со временем измениться и принести соответствующие этому изменению плоды духа, прежде чем продолжить свой путь по направлению к Богу и вечности. В одной из притч Иисус объяснил, что человеческое нежелание меняться может стать причиной выхода из Царства Бога обратно в темный мир, несмотря на наличие веры в начале пути. Эта притча рассказывала о человеке, который откликнулся на приглашение некоего царя прийти на его пир, однако, зайдя в зал, отказался одевать особенные праздничные одежды, которые должны были надевать все приглашенные гости – таковы были обычаи того времени. Этого человека попросили покинуть пир. Вера – это начало духовного пути, однако далеко не его конец.