Это событие не оставляло никаких сомнений в дальнейшей судьбе адмирала, его неминуемой голгофе. Большевики не отличались особой щепетильностью к своим врагам, тем более такого масштаба, однако, как это делалось уже не раз, они вновь попытались представить дело так, будто официальная ответственность за смерть «верховного правителя» лежит не на центре, а на местных властях. Вспомним, что именно таким образом они поступили при уничтожении представителей Дома Романовых. Приведем лишь некоторые факты и документы, которые не были известны Мельгунову и поэтому не использовались в его книге.
Еще до перехода власти в Иркутске к большевикам, 17 или 18 января 1920 г., в Иркутский губком большевистской партии по телеграфу через И.Н. Смирнова, члена Реввоенсовета 5‑й армии Восточного фронта и председателя Сибревкома, было передано указание В.И. Ленина при первой же возможности направить Колчака в распоряжение Реввоенсовета 5‑й армии для последующей отправки в Москву, где мог быть проведен «народный» суд над адмиралом. Однако к Иркутску для спасения Колчака рвались войска генерала Каппеля, что делало невозможной передачу адмирала регулярным частям Красной армии (они вошли в Иркутск лишь в начале марта). И вот 23 января И.Н. Смирнов сообщает В.И. Ленину и Л.Д. Троцкому: «В Иркутске власть безболезненно перешла к Комитенту коммунистов… Сегодня ночью дал по радио приказ Иркутскому штабу коммунистов (с курьером подтвердил его), чтобы Колчака в случае опасности вывезли на север от Иркутска, если не удастся спасти его от чехов, то расстрелять в тюрьме».
Из Москвы возражений не последовало, наоборот, расстрел Колчака разрешено было произвести, учитывая местные обстоятельства. Вскоре, в начале февраля 1920 г., Смирнов приказывает исполкому Иркутского Совета: «Ввиду движения каппелевских отрядов на Иркутск и неустойчивого положения Советской власти в Иркутске, настоящим приказываю вам находящихся в заключении у вас адмирала Колчака, председателя совета министров Пепеляева с получением сего немедленно расстрелять. Об исполнении доложить». В свою очередь Иркутский Военно-революционный комитет во исполнение приказа Смирнова 6 февраля 1920 г. также постановляет Колчака и Пепеляева расстрелять.
Когда все свершилось, В.И. Ленин, «заметая следы» участия Москвы в решении судьбы адмирала, приказывает заместителю председателя Реввоенсовета РСФСР Э.М. Склянскому: «Пошлите Смирнову (РВС 5) шифровку: (шифром). Не распространяйте никаких вестей о Колчаке, не печатайте ровно ничего, а после занятия нами Иркутска пришлите строго официальную телеграмму с разъяснениями, что местные власти до нашего прихода поступили так под влиянием угрозы Каппеля и опасности белогвардейских заговоров в Иркутске. Ленин. Подпись тоже шифром. Беретесь ли сделать архинадежно?» (Знамя. 1990. № 9. С. 14–15).