Еще перед началом постройки корабля его создатели прояснили крайне важный момент – какой флаг должен быть поднят на нем. Капитан Давид Бутлер даже специально разъяснил в письме царю, что «какого государства корабль, такое и знамя на нём живёт». В итоге на пошив флага и «еловчиков» (вымпелов) была отпущена красная, белая и синяя материи. Таким образом, именно в подмосковном селе Дединово впервые взмыл вверх российский триколор – он же кормовой флаг первого русского корабля. Достоверно неясно, каким именно был рисунок этого флага. Известно лишь, что 24 апреля 1669‐го царским указом было велено «на знаменах и еловчиках нашивать орлы же», т. е., скорее всего, на корабле развевался трехцветный флаг с нашитым сверху двуглавым орлом.
Название у корабля появилось в тот же день 24 апреля 1669 г. – «Орёл». Именно с этим обстоятельством было связано появление орлов на флаге и вымпелах и приказ «поставить на носу и на корме по орлу». 7 мая корабль начал свое первое плавание из Дединова в Астрахань. 8 июня были в Нижнем Новгороде, где корабль получил полное вооружение. Плавание проходило негладко: четыре раза садились на мель, теряли якоря. Только 24 августа «Орёл» добрался до Астрахани.
Дальнейшая судьба «Орла» сложилась невесело – по прямому назначению он никогда не использовался. До 1970‐х гг. считалось, что корабль был без боя захвачен повстанцами Степана Разина, причем стрельцы перешли на их сторону, а голландские моряки бежали в Персию. Сам же «Орёл» якобы был сожжен бунтовщиками. И лишь в 1973 г. были найдены документы, где упоминался стоявший в волжском протоке Кутум некий корабль «ветхой, дно и бока сгнило, в ход не годитца». Также упоминалось, что корабль этот трехмачтовый, «на носу ж, на водорезе, перыла решетчатые, над перылами лев резной, крашеный». Это и был «Орёл» – других кораблей подобного типа в стране в то время попросту не существовало. В 1680 г. по указу царя Федора Алексеевича «Орёл» был осмотрен на предмет возможного ремонта, но выяснилось, что его борта и днище сгнили. В итоге железную оснастку с корабля сняли, а доски пустили «на всякие расходы».
Так печально завершилась история первого русского боевого корабля. И тем не менее его создание – яркая веха в истории отечественного флота. Император Петр Великий так оценивал факт постройки «Орла»: «Хотя намерение отеческое не получило конца своего, однако же достойно оно есть вечного прославления, понеже… от начинания произошло нынешнее дело морское». И хотя «Дедушка русского флота» – ботик «Святой Николай» – старше «Орла» примерно на двадцать лет, все же ботик строился в Англии, а «Орёл» – в России. Именно это позволяет считать его первым полностью отечественным кораблем военного предназначения.