Начало Великой Отечественной войны встретил в занимаемой должности.
С 10 июля 1941 года- командир 218-го танкового полка 109-й отдельной танковой дивизии.
С сентября 1941 года-командир 148-го танкового полка 148-й танковой бригады.
С 9 января 1942 года- командир 68-й танковой бригады[20].
22 февраля 1942 года, приказом войскам Западного фронта № 224, командир 218-го танкового полка, 109-й танковой дивизии, майор С.И. Алаев был награжден орденом «Красного Знамени».
Краткое, конкретное изложение личного боевого подвига или заслуг:
«Майор Алаев в боях за Социалистическую Родину проявил личное мужество, отвагу и умелое руководство полком. Командуя 218-м танковым полком в боях 30 августа- 3 сентября 1941 года, майор Алаев, под ураганным огнем противника прорвал переправу через реку Десна и нанося противнику большой урон повел в наступление танки и поддерживаемую ими пехоту 149-й стрелковой дивизии. В результате успешных действий полка было уничтожено: 5 танков, 6 орудий ПТО, 4 артиллерийские батареи, 6 бронемашин, 6 минометов, до 2-х батальонов пехоты, один штаб полка и два штаба батальона. В операции со 2 по 8 октября 1941 года, майор Алаев, попав с полком в окружение, организованно, с боями вывел полк и способствовал выводу 17-й стрелковой дивизии»[21].
С 19 мая 1942 года- командир 161-й танковой бригады.
6 января 1943 года- за неорганизованность и неспособность руководить был отстранён от должности и зачислен в резерв начсостава Западного фронта.
С 28 января 1943 года-и.д. зам. командира 41-й танковой бригады.
С начала августа 1943 года- командир 162-й танковой бригады 25-го танкового корпуса.
С сентября 1943 года- начальник АБТС 2-го гвардейского кавалерийского корпуса.
До сентября 1944 года- слушатель Академические курсов усовершенствования офицерского состава при Военной академии БТ и МВ РККА им. И. В. Сталина.
С 26 сентября 1944 года- и.д. заместителя командира 63- й гвардейской танковой бригады.
Гвардии полковник Алаев Семен Иванович, 18 февраля 1945 года, погиб в боях за плацдармы через р. Нейсе в районе населенного пункта Веллерсдорф.
11 апреля 1945 года, приказом войскам 4-й гвардейской танковой армии № 140/н, заместитель командира 63-й гвардейской танковой Краснознаменной Челябинской бригады, гвардии полковник С.И. Алаев был награжден орденом «Отечественной войны» 1-й степени (посмертно).