Главное управление церковью в эти годы находилось в руках рязанского архиерея Стефана Яворского, блюстителя патриаршего престола. Стефан Яворский, несмотря на высокий свой пост, тяготился своим положением, жаловался царю на неудобство жизни в Петербурге и просил милостивого отпуска, но не получил его. Ни Петр не чувствовал к Стефану большого расположения, ни Стефан к Петру, но Петр считал Стефана честным и полезным человеком, а потому и удерживал его, вопреки давнему желанию рязанского архиерея удалиться от дел и уехать на родину в Малороссию. При своей недоверчивости к великорусскому духовенству, Петр медлил постановкой архиереев; и в 1718 году Стефан доносил ему, что из епархий киевской, тобольской, новгородской, смоленской, коломенской к нему присылаются старые залежалые дела, которые он решить затрудняется; ставленников много, а ставить их некому: без архиереев быть невозможно. Государь приказал выбрать кандидатов и подать себе список их, а вперед для таких избраний присылать добрых монахов в Невский монастырь, чтобы «таких не наставить, как тамбовский и ростовский». Затем велено архиереям поочередно приезжать в Петербург и проживать там, «начиная свое бытье с января».
Им отводились места, на которых они сами могли себе выстроить подворья. Петр ввел эту меру, чтобы самому ближе и даже лично знать всех архиереев в своем государстве. Архиереи с этого времени уже не могли более вмешиваться в какие бы то ни было светские дела, если не получали на то особого царского повеления. Уже давно лишили их права управлять самим имениями. Они могли пользоваться только с них доходами, получая их из Монастырского приказа. Только по особенной милости право распоряжения своими вотчинами получил в 1713 году вологодский архиерей. Монастырские же вотчины, взятые прежде от монастырей в заведование Монастырского приказа, 16-го октября 1720 г. были возвращены вновь в управление архимандритам и игуменам.
Царь показал некоторую заботу об улучшении материального и духовного состояния белого духовенства. В феврале 1718 года указано готовить заранее кандидатов на священнические места для того, чтоб места не оставались праздными; а как по большей части духовное звание было наследственным, то велено поповских и причетнических детей заранее обучать, чтоб они были годны со временем получить сан священника. При церквах надлежало иметь старосту, который обязан был выстроить священнический дом, поступавший преемственно от одного священника к другому. Приходскому духовенству запрещалось иметь собственные дома в своем приходе, а если окажется у какого-нибудь священника собственный дом при церкви, то следовало выплатить ему из церковных денег стоимость дома, а после его смерти отдать этот дом его преемнику на священстве. Домовые церкви должны были быть все упразднены.