Входили в Думу князья Глинские и князья Черкасские – знатные выходцы из‐за рубежа, родня государей. Князья Глинские вели свой род от знаменитого ордынского правителя Мамая. В начале XVI века они перебежали в Московское государство, где Василий III с радостью принял знатных выходцев. В 1526 году он женился на княжне Елене Глинской, которая стала матерью Ивана Грозного. По родству с царем эта фамилия занимала одно из первых мест. Князья Черкасские, выходцы из Кабарды, вошли в Думу и также заняли первые места по родству с другой государыней – второй супругой Ивана Грозного, княжной Марией Темрюковной.
Третим чином Думы являлись думные дворяне. Во второй половине XVI века это были, в основном, малознатные любимцы Ивана Грозного. Таковы опричный палач Малюта Скуратов (прозвище Григория Лукьяновича Бельского) и его племянник Богдан Яковлевич Бельский, фаворит последних лет царствования Ивана, впоследствии окольничий и боярин. Известны и другие птенцы этого гнезда: печатник Роман Алферьев, казначей Игнатий Татищев, Василий Зюзин, Михаил Безнин, Деменша Черемисинов и другие. Они не могли тягаться по родовитости ни со старомосковскими боярами, ни с князьями, однако принадлежали к служилым родам, а некоторые из них – к весьма древним (так, Татищев был потомком смоленских Рюриковичей, утративших свой титул).
Боярская дума являлась одновременно главным распорядительным органом и законосовещательным учреждением. Часто встречающаяся формула «царь указал, а бояре приговорили» обозначает совместное государственное творчество государя и членов Думы. Однако роль бояр и окольничих не ограничивалась заседаниями. Для решения конкретных вопросов создавались особые боярские комиссии (такова, например, комиссия боярина князя В. И. Шуйского, расследовавшая обстоятельства смерти царевича Дмитрия и восстания горожан в Угличе в 1591 году). Бояре вели дипломатические переговоры, участвовали в приемах послов, ездили с посольскими миссиями. Из членов Боярской думы назначались командующие полками в походах. Думцев посылали наместниками и воеводами в крупнейшие города или на окраины (Великий Новгород, Смоленск, Казань, Астрахань, Тобольск и др.).
При этом участие в управлении Думы и ее членов было текущим, оно определялось необходимостью и решениями царя и бояр, находившихся у руля управления страной. Регламента работы Боярской думы, графика и протоколов ее заседаний не существовало.