В 1894 году на базе академии был создан Московский сельскохозяйственный институт – закрытый вуз, предназначенный в основном для детей помещиков с оплатой за обучение по 400 рублей в год. В институте работали два отделения: сельскохозяйственное для подготовки агрономов и сельскохозяйственно-инженерное – для подготовки инженеров-агрономов. Из четырех лет обучения два года отводились на общеобразовательные предметы, а остальные приходились на практические занятия по специальности.
Столыпинская аграрная реформа привела к изменению общей направленности Московского сельскохозяйственного института (МСХИ). Для массовых крестьянских хозяйств нужны были специалисты-аграрники с основательной естественнонаучной, сельскохозяйственной, технической, экономической и юридической подготовкой. Новые задачи вуза потребовали увеличить приток молодых людей из числа крестьян-земледельцев и семинаристов. Демократизация студенческого контингента привела к тому, что вуз стал одним из очагов антиправительственных выступлений, особенно в революционных событиях 1905—1907 годов.
Существенной реорганизации был подвергнут учебный процесс в институте, где укоренилась предметная система преподавания. Студенты слушали лекции и участвовали в практических занятиях по индивидуальным учебным планам общей продолжительностью не более 6 лет. Учебный год состоял из двух семестров: первый длился с 15 сентября до 15 декабря, второй – с 15 января до 15 июля. В мае-июле студенты находились на практике, которую проходили на опытных полях и фермах, в питомниках, лабораториях и других подразделениях вуза. По каждому обязательному учебному курсу студенты сдавали экзамены, а по итогам практики представляли письменные отчеты. Такой метод обучения требовал от будущих специалистов сельского хозяйства умения работать самостоятельно, проявлять творческую инициативу.
В начале XX века МСХИ располагал совершенной учебно-материальной базой по всем направлениям подготовки специалистов. Ее главными элементами являлись учебные корпуса с аудиториями, кабинетами и лабораториями по предметам обучения, опытное поле (за его состояние отвечал адъюнкт-профессор А. Г. Дояренко), селекционная станция (агроном Д. Л. Рудзинский), льняная опытная станция (адъюнкт-профессор И. С. Шувалов), опытная станция по зоотехнике (профессор Е. А. Богданов), метеорологическая обсерватория (профессор В. А. Михельсон), лесная дача (профессор Н. С. Нестеров) и другие.