В некоторых версиях гностической космогонии царство мрака наступает на царство света, что и приводит к злополучному смешиванию миров. Именно злое божество создавало землю, светлый же бог имеет с ней мало общего. Светлый бог воплотил часть себя в материальном, сотворенном злым божеством мире, где свет оказался заключенным в душах живущих людей. Плененный в тюрьме материального тела, божественный свет (душа человека) не знает о своей божественности и о своем пребывании в телесной темнице. Он как бы одурманен, как бы спит. В манихейских исповедальных книгах об этом говорилось, что душа родилась «в этом доме ужасов, этом замке смерти, этой в отравленной фигуре, воплощенной в костлявом теле».
В «Тайном учении от Иоанна» также описывалось возникновение материи и взятие души в телесный плен: злые архонты сделали новое творение из земли и воды, из огня и ветра, а значит, из материи мрака и желания протестующего духа, что стало цепями для человека. Эту пещеру сотворенного тела они преподнесли человеку, наложив на него оковы забвения. Так человек стал смертным.
Но душу, которая забыла свое божественное происхождение, можно разбудить, привести ее к воспоминаниям. Это было доступно потомкам царства света, которые могут узнать о своем светлом божественном начале и вести истинное познание – по-гречески гнозис. Такие разбуженные люди почти сразу же играли роль пророков или священников.
Например, в «Тайном учении от Иоанна» Иисус Христос сообщал: «Я ведь являюсь богатством света. Я – мышление изобилия света. Однако я шел в величии мрака, и я выдерживал это до тех пор, пока я не покинул тюрьму… Это тюрьма тела. И я говорю: “Тот, кто слышит, проснется от глубокого сна”… Однако я сказал тебе все вещи, чтобы ты записал их и передал в сокрытом виде, так как эта тайна не для колеблющихся». Среди тайн, которые были переданы, значились и таковые: «Проклят каждый, кто передаст эти тайны ради еды, пития, одежды или других вещей».
Наряду со строгим дуализмом, который предусматривал двух одинаково сильных божеств – светлого и темного, всегда существовал более умеренный вариант. Здесь наличествует только одна павшая светлая сущность, которой и приписывается ответственность за соединение материи и души. Зло здесь строго не оделено от добра, но является павшей частью светлого.