В системе трансцендентального идеализма взаимоотношения между двумя основными науками изложены более резко, чем во введении к наброскам системы натурфилософии. «Всякое знание, – утверждает он, – основано на согласии объективного с субъективным. Ибо известно только то, что истинно; истина же обычно помещается в соответствие идей с их объектами. Олицетворением всего сугубо объективного в нашем познании можно назвать природу: олицетворение же всего субъективного называется Я или интеллект. Эти два понятия противоположны. Интеллект первоначально понимается как то, что можно только вообразить, природа – как то, что можно только воспринять, первое – как то, что сознательно, второе – как то, что бессознательно. Но в любом познании необходимо взаимное совпадение того и другого (сознательного и бессознательного), и задача состоит в том, чтобы объяснить это совпадение. В самом знании – в том, что я знаю, – объективное и субъективное настолько едины, что невозможно сказать, что из них приоритетно. Здесь нет ни первого, ни второго, оба они одновременны и едины. Желая объяснить это тождество, я уже должен отменить его. Чтобы объяснить его, я должен, поскольку кроме этих двух факторов познания (как объяснительного принципа) мне ничего другого не дано, обязательно поставить один перед другим, исходить из одного, чтобы от него прийти к другому; из какого из двух я исхожу, не определяется задачей». Теперь возможны два случая. Либо объективное делается первым, и ставится вопрос о том, как к нему добавляется субъективное, согласующееся с ним, или как к природе добавляется разумное, в понятии которого не лежит, что есть и разумное, из которого оно мыслится, или как природа становится мыслимой; либо субъективное делается первым, и ставится задача о том, как к нему добавляется объективное, согласующееся с ним. Сделать объективное первым, чтобы из него вывести субъективное, – задача натурфилософии, – исходить из субъективного как первого и абсолютного и позволить объективному возникнуть из него – задача трансцендентальной философии. «Натурфилософия и трансцендентальная философия разделились, таким образом, на два возможных направления философии, и если всякая философия должна исходить или из того, чтобы сделать интеллект из природы, или природу из интеллекта, то трансцендентальная философия, имеющая последнюю задачу, есть другая необходимая основная наука философии».