31 декабря и 1 января 1920 года в Иркутске шли бои между восставшими против белых солдатами и колчаковским гарнизоном. В городе оказались два правительства: колчаковский Совет министров без его председателя и Политический центр, опиравшийся на восставшие части, который сложился из эсеров и земцев. Переговоры между ними тянулись со 2 января в Иркутске в вагоне генерала Жанена, пытающегося склонить колчаковских министров на сдачу власти Политцентру. 3 января Совмин послал Колчаку, остановленному в Нижнеудинске, телеграмму, настаивающую, чтобы он отрекся от власти. Своим последним указом адмирал Колчак передал свои полномочия генералу А.И. Деникину и атаману Г.М. Семенову.
Из Нижнеудинска адмирала Колчака чехословаки фактически повезли на расправу в Иркутск. Судьбу его решили генерал Жанен, руководство чехословаков, иркутский Политцентр и большевистские лидеры, чьи ячейки тянулись в населенных пунктах вдоль железнодорожного полотна от Нижнеудинска до Иркутска. Коммунисты совместно с Политцентром потребовали от чехословаков выдачи им Колчака, председателя его Совмина Пепеляева и золотого запаса взамен того, что «братьям славянам» дадут унести ноги из Сибири. Жанен и чехословацкие представители пошли на эту сделку, присвоив себе часть российского золота. Колчаковский генерал Д.В. Филатьев в мемуарах эту подлость прокомментировал: «Генералу Жанену достаточно было бы объявить, что ни один чех не будет отправлен морем, если адмирала не доставят живым и невредимым в Забайкалье, и вопрос был бы разрешен не только “психологически”, но и реально».
После ареста в Иркутске потекли последние дни жизни А.В. Колчака за решеткой губернской тюрьмы, где было восемь шагов в длину, четыре – в ширину. Спал он на железной кровати, ел за металлическим столиком на привинченном к полу табурете. На стене – посудная полка, в углу таз и кувшин для умывания, выносное ведро. Пищу арестанту подавали в окошко на двери камеры, над ним был стеклянный «волчок». Адмирал мало ел, плохо спал, больше он быстро вышагивал по закуту своей камеры, раздумывая, покашливая, много курил.
С 20 января 1920 года Колчака допрашивали члены Чрезвычайной следственной комиссии, назначенной руководством Политцентра – эсеро-меньшевистской организации, которой в те дни принадлежала власть в Иркутске. 21 января Политцентр сдал свою власть большевистскому Военно-революционному комитету. Допросы А.В. Колчака возглавил большевик С.Г. Чудновский, который с 17 февраля стал председателем Иркутской губернской ЧК. Он начал с того, что попытался лишить Колчака стакана чая, который ему обычно подавали перед допросом. Тогда один из членов комиссии – эсер Г.И. Лукьянчиков – отдал адмиралу свой стакан.