Хотя вазиры при аль-Муктадире были людьми весьма опытными, старавшимися взять под свой контроль поступление налогов с провинций, однако их чиновники постоянно встречали на местах противодействие, а иногда и прямое неповиновение со стороны местных властителей-эмиров, в свою очередь добивавшихся права, в качестве представлявших халифа наместников, собирать с подвластных их территорий налоги в свою пользу. Например, так поступал правитель Азербайджана Ибн Аби-с-Саджа, присваивавший большую часть собранных налогов, а богатые Хорасан и Мавараннахр, перешедшие под управление Саманидов (819-1005), и вовсе перестали пересылать налоги в казну. Али Ибн аль-Фурат дважды отправлял армию в Фарс, первый раз, чтобы помочь Саффаридам захватить эту область, а второй – чтобы добиться от новых правителей этой области регулярной отправки дани в Багдад. Положение с доходами было столь неблагополучным, что вазирам иногда приходилось вносить в казну свои личные деньги, дабы покрыть образовавшийся дефицит.
Центральными органами государственного управления являлись специальные правительственные канцелярии – диваны. Они оформились еще при Омейядах, которые ввели и обязательное делопроизводство на арабском языке. Диван военных дел ведал оснащением и вооружением армии. В нем велись списки людей, входивших в состав постоянного войска, с указанием получаемого ими жалованья или размеров пожалований за военную службу. Диван внутренних дел контролировал финансовые органы, занятые учетом налоговых и иных поступлений, с этой целью собирал необходимые статистические сведения и пр. Особые функции выполнял диван почтовой службы. Он занимался доставкой почты и государственных грузов, руководил строительством и ремонтом дорог, караван-сараев и колодцев. Более того, это учреждение фактически выполняло функции тайной полиции. По мере расширения функций арабского государства усложнялся и центральный государственный аппарат, росло общее число центральных ведомств.
Система местных органов государственного управления на протяжении VII–VIII вв. претерпевала значительные изменения. Первоначально местный чиновничий аппарат в покоренных странах оставался нетронутым, сохранялись и старые методы управления. По мере упрочения власти правителей халифата произошло упорядочение местной администрации по персидскому образцу. Территория халифата была разделена на провинции, управляемые, как правило, военными наместниками – эмирами, которые были ответственны только перед халифом. Эмиры обычно назначались халифом из числа своих приближенных. Однако были и эмиры, назначенные из представителей местной знати, из бывших правителей завоеванных территорий. В ведении эмиров находились вооруженные силы, местный административно-финансовый и полицейский аппарат. Эмиры имели помощников – наибов.