В 877 году нуждавшийся в средствах для подавления восстания занджей аль-Муваффак потребовал от египетского наместника увеличения податных платежей в казну. Требование это было вполне законным, однако Ахмад ибн Тулун ответил на него высылкой из страны халифского финансового чиновника и продолжал, как и прежде, за вычетом небольших, отправляемых в Багдад сумм, весь остальной доход от налогов с египтян оставлять в своей казне. Это было недопустимое, с точки зрения аль-Муваффака, неповиновение. К тому же регент был обеспокоен переносом торговых путей с Индией в Красное море из-за блокады занджами традиционного пути через Персидский залив и видел в Ахмаде торгового соперника, посягнувшего на коренные интересы центральной власти. Отношения египетского правителя и багдадского регента осложнялись еще и тем, что Ахмад ибн Тулун демонстративно поддерживал слабого халифа, фактически отстраненного от какого бы то ни было участия в управлении страной его братом, открыто высказывавшим халифу свое пренебрежение.
В 878 году аль-Муваффак отправил в Египет целую армию, которую сопровождал специальный посланник, имевший инструкцию сместить эмира-сепаратиста. Армия потерпела неудачу, и Ахмад ибн Тулун, воспользовавшись тем, что основные силы аль-Муваффака были заняты войной с занджами, вторгся в Сирию и Палестину и присоединил их к своим владениям. При этом он мотивировал свои действия необходимостью противостоять проискам Византии, ответственность за оборону границ с которой он нес и прежде в качестве правителя Египта.
Ахмад ибн Тулун создал в Египте профессиональное войско из тюрок, берберов и суданцев, опираясь на которое, он чувствовал себя полностью независимым. Собирая обширные подати с богатой провинции, он имел возможность не только оплачивать службу наемников, но и поощрять сельское хозяйство и торговлю, которые при нем процветали. Он уделял большое внимание ирригационным работам, построил к северу от Фустата новый город, где расположил гарнизон, соорудил знаменитый кафедральный храм, не уступавший главной мечети в Самарре, начал чеканить монеты, на которых рядом с именем халифа, ставил и свое имя. Страной Ахмад ибн Тулун правил как жесткий, но просвещенный самодержец, и позднейшие египетские историки и хронисты считали время его правления «золотым веком египетской истории».