Последней каплей, переполнившей чашу терпения, стала террористическая атака 12 августа 1906 года. Это была суббота, приёмный день Столыпина на казённой даче на Аптекарском острове в Санкт-Петербурге. Приём начался в 14.00. Около половины третьего к даче подъехал экипаж, из которого вышли двое в жандармской форме с портфелями в руках. В первой приёмной террористы бросили к следующим дверям портфели и бросились прочь. Раздался взрыв огромной силы, пострадали более 100 человек: 27 человек погибли на месте, 33 были тяжело ранены, многие потом скончались. Сам премьер и находящиеся в кабинете посетители получили ушибы (была сорвана с петель дверь). Пострадали и двое детей Столыпина – Наталья (14 лет) и Аркадий (3 года). В момент взрыва они вместе с няней находились на балконе и были выброшены взрывной волной на мостовую. Ранение дочери было очень тяжёлым, у нее оказались раздроблены кости обоих ног. Врачи настаивали на срочной ампутации, но Столыпин просил подождать с решением. Доктора согласились и ножки юной девушки удалось спасли. Но несколько лет она не могла ходить. Ранения сына Аркадия оказались не такими тяжелыми, а няня детей погибла. Это покушение на Аптекарском острове осуществила петербургская организация «Союза социалистов-революционеров максималистов», образовавшаяся в начале 1906 года. Организатором был Михаил Соколов. После взрыва на Аптекарском острове Николай II предложил Столыпину большую денежную помощь для лечения детей, но получил отказ и ответ: «Ваше Величество, я не продаю кровь своих детей».
Уже 19 августа, по предложению Столыпина, в стране были введены военно-полевые суды, вместо предшествующих, военных, которые затягивали расследование дел террористов, выслушивали многочисленных свидетелей и адвокатов и нередко ограничивались лишь мягкими наказаниями, не соответствующими серьезности преступления. Так, например, случилось в деле революционерки-террористки Веры Засулич, которая стреляла в упор из револьвера в петербургского градоначальника Ф. Трепова, но решением суда присяжных была оправдана. Военно-полевые суды рассматривали дела террористов без промедления – в течение 2 дней и приводили приговор в исполнение в течение последующих 24 часов. За самые тяжелые преступления назначалась смертная казнь через повешение.