Государственная дума не соглашалась с мерами Столыпина, она требовала отобрать земли у частных владельцев и бесплатно раздать крестьянам. Это постоянное противостояние законодательной и исполнительной власти мешало Российской империи выйти из кризиса после поражения в Русско-японской войне и революции, поэтому в 1906 году Николай II решил распустить Госдуму и заодно правительство. На пост председателя Совета министров он назначил Столыпина. На этом посту он действовал весьма энергично. Его запомнили как блестящего оратора, многие фразы из речей которого стали крылатыми, а также как талантливого реформатора и бесстрашного мужественного человека.
Однако отношения Столыпина и со второй Государственной Думой были весьма напряжёнными. В законодательный орган власти входило более сотни представителей партий, которые напрямую выступали за свержение существовавшего строя, таких как РСДРП (впоследствии разделившейся на большевиков и меньшевиков) и эсеров, чьи представители неоднократно устраивали покушения и убийства высших должностных лиц Российской империи. Польские депутаты выступали за выделение Польши из Российской империи в отдельное государство. Две самые многочисленные фракции кадетов и трудовиков выступали в оппозиции предложениям Столыпина и ратовали за принудительное отчуждение земель у помещиков с последующей передачей крестьянам.
Члены партий, ратовавших за смену государственного устройства, попав в Государственную думу, продолжали заниматься революционной деятельностью, планировать и осуществлять покушения. Об этом стало известно полиции, руководителем которой являлся Столыпин. 7 мая 1907 года он обнародовал в Думе «Правительственное сообщение о заговоре», обнаруженном в столице и ставившем своей целью совершение террористических актов против императора, великого князя Николая Николаевича и против него самого. В результате этого вторая Дума императором была распущена.
Столыпин предложил новую избирательную систему, которая привела бы к формированию более адекватной Думы, что сделало возможным взаимодействие законодательной и исполнительной власти. Новая избирательная система увеличивала представительство в Думе землевладельцев и состоятельных горожан, а также русского населения по отношению к национальным меньшинствам, что привело к формированию в III и IV Думах проправительственного большинства. Находящиеся в центре «октябристы» помогали Столыпину в принятии законопроектов, вступая в коалицию по тем или иным вопросам либо с правыми, либо с левыми членами парламента. В то же время, Столыпин ощущал поддержку от немногочисленной партии «Всероссийский национальный союз».