Отец Иоанн мало ел и мало спал. Он вставал очень рано, около 4 часов утра. Встав, начинал готовиться к службе, которая начиналась в 6 часов утра. Когда он шёл в храм, его встречали толпы верующих, жаждавших получить благословение. Здесь же присутствовали нищие, которых он одаривал милостыней. За утренней отец Иоанн сам читал канон, тщательно и внимательно, придавая этому чтению высокое значение. Перед началом Божественной литургии происходила исповедь.
В Андреевском соборе Кронштадта батюшка прослужил 56 лет. В течение всех этих лет отец Иоанн практически каждый день совершал Божественную литургию в соборе.
***
Портовый город Кронштадт в конце XIX века являлся местом для ссылки оступившихся людей – бывших заключенных, нищих и бродяг, поэтому контингент в городе, мягко говоря, был тяжелым. Коренные местные жители работали в порту и мирились с неблагополучным соседством, но тяготы бедной рабочей жизни на них самих влияли не лучшим образом: многие находили утешение в бутылке, то есть пьянствовали. По ночам было опасно для жизни гулять по городу, так как можно было нарваться на пьяных людей или на грабителей.
И вот тут-то и нашел простор для своей пастырской деятельности отец Иоанн. Он увидел, что погибающие люди Кронштадта не менее, а даже более, нуждаются в помощи, нежели отсталые народы, к которым он когда-то хотел ехать, чтобы проповедовать Христа. И он без всякой боязни начал исповедовать веру среди оступившихся преступников, пьяниц и бродяг.
После ежедневной литургии батюшка Иоанн посещал лачуги и землянки, в которых ютились оступившиеся люди, вел с ними долгие беседы по душам, поддерживал их морально и материально. В первое время, пока еще не было пожертвований, которые он впоследствии без остатка будет раздавать нищим и беднякам и пускать на благотворительность, он отдавал хозяевам землянок все, что мог – свое жалование, продукты и вещи. Домой батюшка часто возвращался без обуви, которую отдавал нуждающимся. Но самым главным, что сделал Иоанн, ведя подвижническую жизнь в народе, было то, что он заставил погибающих во грехе людей поверить в себя и свои силы, увидеть то, что они не до конца упали и еще могут подняться.
К собору Андрея Первозванного, в котором служил самоотверженный Иоанн, с каждым днем стекалось все больше и больше горожан. На литургиях, которые он проводил, яблоку негде было упасть, а некоторым людям и вовсе приходилось стоять на улице. Это при том, что собор вмещал в себя 5 000 человек. Такая народная любовь привела к тому, что о батюшке стали узнавать и в других городах и весях страны.