***
Время кончины было открыто отцу Иоанну заблаговременно. Под конец земной жизни он был подвержен болезням, стал ослабевать. Его мучили сильные боли, которые иногда утихали во время служения Литургии. 10 декабря 1908 года отец Иоанн, собрав волю и силы, совершил последнюю Литургию.
Незадолго до кончины Иоанн говорил своим близким: «Возгораюсь крепким желанием видеть Художника, который и меня сотворил премудро по образу и подобию Своему с разумом, чувством, свободною волей и бессмертием по душе. Когда увижу Его, Желанного?»
Последние дни пребывал он в полубессознательном состоянии, но к вечеру на двадцатое декабря к отцу Иоанну вернулось полное сознание, а вместе с тем он почувствовал себя чрезвычайно тяжело и стал жаловаться окружающим на страшный жар во всем теле. Окружающие поняли, что это значит.
«Батюшка умирает».. Эта печальная весть, подобно молнии, в один миг разнеслась по всему Кронштадту. В Андреевском соборе решено было, не дожидаясь утра, отслужить литургию и после нее причастить отца Иоанна. Многочисленный народ, присутствовавший при этой ночной литургии, навзрыд плакал; плакали и священники, совершавшие ее.
По окончании литургии священнослужители отправились со Св. Дарами на квартиру о. Иоанна. Он был в забытьи. Хотя и с большим трудом, больного удалось причастить. После принятия Св. Тайн он продолжал лежать с закрытыми глазами и изредка стонал. Дыхание его стало порывистым, что означало уже близость смертного часа.
В 6 часов утра священник стал читать отходную. В 7 ч. 40 м. утра 20 декабря 1908 г. о. Иоанн тихо отошел ко Христу на восьмидесятом году жизни.
Тело о. Иоанна было торжественно перевезено из Кронштадта по льду моря в Ораниенбаум и оттуда по железной дороге в Петербург. Лед на Финском заливе был слабый и удивительно, что он выдержал громадную массу народа, шествовавшего в погребальной процессии. До моря по улицам Кронштадта шпалерами стояли войска.
Похоронили о. Иоанна в церкви-усыпальнице, специально заранее устроенной в подвале. Вся церковь облицована белым мрамором, иконостас и гробница тоже из белого мрамора. В церкви множество круглых матовых электрических лампочек. Иконы написаны русским художником Нестеровым.
Вот как описывал всенощную службу у гроба Иоанна один из священнослужителей: «Но что это за служба! Песни печальные, настроение же благоговейно-праздничное. Есть что-то напоминающее светлую заутреню. И чем дальше идет служба, тем это праздничное настроение все растет и поднимается. Какая-то благодатная сила исходит от гроба и наполняет сердца присутствующих неземной радостью, словно окрыляет их, освобождает от чего-то. Чувствуется, осязательно чувствуется, что во гробе лежит святой, праведник и дух его незримо носится в храме и объемлет своею любовию и лаской всех собравшихся отдать ему последний долг.