Начинающий правовед чувствовал в себе призвание историка. Первые публикации Афанасьева обнаружили кропотливого и увлеченного исследователя: «Государственное хозяйство при Петре Великом», «О вотчинах и поместьях». Причем опубликовал он эти капитальные статьи не где-нибудь, а в лучших литературных журналах того времени – в «Современнике» и «Отечественных записках». Он пришелся ко двору в литературных и библиофильских кругах.
Официальную идеологию молодой исследователь отторгал. Да и кто из думающих людей ее принимал? Единицы. Во многом именно поэтому провалилась его попытка стать преподавателем в альма-матер. Для него устроили смотрины – публичную лекцию «Краткий очерк общественной жизни русских в три последних столетия допетровского периода». Аж в присутствии министра народного просвещения! Судя по записям в дневнике Афанасьева, это были размышления о роли самодержавия в установлении и развитии крепостного права. Впоследствии он вспоминал: «Лекция эта вызвала несколько замечаний со стороны министра, о которыми, однако, я не догадался сейчас же согласиться. Шевырев с братиею нашли в ней то, чего в ней не было и быть не могло. Весьма благодарен, что печатно отозвался он о моей лекции с равнодушным хладнокровием, а в непечатных отзывах, по слухам, куда недоставало этого хладнокровия».
Об университете пришлось забыть. В 1849 году, с помощью Кавелина, ему удалось поступить в Московский Главный архив министерства иностранных дел. Там Афанасьев прослужил 13 лет. Служба давала возможность сносно содержать семью, не забывая о науке. В то время Афанасьев уже вынашивал идею собрания сказок с научно-популярными комментариями. На это ушло немало времени и сил.
В 1851-м он не без робости объяснял в письме к редактору «Отечественных записок»: «Издание будет ученое, по образцу издания бр<атьев> Гриммов. Текст сказки будет сопровождаться нужными филологическими и мифологическими примечаниями, что еще больше даст цены этому материалу; кроме того, тождественные сказки будут сличены с немецкими сказками по изданию Гриммов, и аналогичные места разных сказок указаны. Войдет сюда также сличение сказок с народными песнями. Изданию я предпослал бы большое предисловие о значении сказок и метода их ученого издания. Одна сказка через три или через два номера, – смотря по возможности, – не займет в журнале много места. Притом предмет этот не чужд интереса». Так начиналась затея, которая прославит Афанасьева, хотя принесет ему и новые невзгоды. Архивист оказался незаурядным организатором: идея собирания русских сказок объединила многих исследователей.