Ситуация резко меняется в 1928 году. Политическая обстановка в Китае становится крайне нестабильной, что приводит к гражданской войне и столкновению правительства Китайской Республики и китайских коммунистов. В декабре 1928 года было подписано соглашение между Нанкинским правительством и маршалом Чжан Сюэляном, одним из ведущих политических деятелей Гоминьдана. Маршал был назначен главнокомандующим войсками Северо-Восточного Китая. В стране устанавливался гоминдановский режим во главе с Чан Кайши. В декабре того же года Чан Кайши, выступавший за единоличное управление КВЖД Китаем, объявил советско-китайский договор неравноправным10.
На железной дороге начинаются столкновения. Китайская полиция в конце 1928 года захватила телефонную станцию КВЖД, а в конце мая 1929 года на Генеральное консульство СССР в Харбине произвели вооруженный налет. 10–11 июля железнодорожная магистраль уже была захвачена, советское руководство отстранено от должностей, а многие работники арестованы11. На границе начались столкновения армий Чжан Сюэляна и РККА. Эти события стали известны как советско-китайский конфликт 1929 года. Проблема требовала решения и согласия обеих сторон. 13 декабря 1929 года в Хабаровск для введения переговоров прибыл дипломат Министерства иностранных дел Китая Цай Юньшэн. 22 декабря стороны подписали «Хабаровский протокол об урегулировании конфликта на КВЖД»12, восстановивший совместное советско-китайское управление железной дорогой. После «конфликта на КВЖД» советская сторона начала процесс укрепления границ.
В 1931 году Япония вторглась в пределы Маньчжурии и оккупировала территорию. По решению Всеманьчжурской Ассамблеи, проведенной 1 марта 1932 года, было образовано государство Маньчжоу-Го.
СССР не признал новое государство, японские вооруженные силы в Маньчжурии угрожали безопасности советских границ. До 12 декабря 1932 года дипломатические отношения с Китаем были прерваны13, что немедленно отразилось и на работе КВЖД. Начались беспорядки, советских служащих железной дороги арестовывали, к 1933 году провокации со стороны японской администрации только усилились. Путем к прекращению постоянных конфликтов стала продажа КВЖД Маньчжоу-Го. Для Японии покупка КВЖД означала полный контроль над Маньчжурией. Переговоры о продаже КВЖД начались 25 июня 1933 года в Токио. И только 23 марта 1935 года было подписано соглашение между СССР и Маньчжоу-Го об уступке Маньчжоу-Го прав СССР в отношении КВЖД