Выбрав путь служения Господу, Алферий не искал благостного уединения, чтобы усердно молиться в глухом скиту. Наоборот. Это был истинный сын Фёдора Бяконта, и по его венам текла горячая кровь, подталкивающая к активному взаимодействию с миром. Человеком «практического склада» называет его Р. Г. Скрынников. В лице Алексия церковная система получила деятеля, который всю свою жизнь потратил на благоустройство и разрешение церковных и государственных вопросов. Своим подъемом, Московское княжество во многом обязано сыну черниговского боярина.
Алексий стал первым помощником Великого князя в его борьбе за централизацию Русского государства, приложил немало усилий для устранения на Руси княжеской междоусобицы. Благодаря усилиям святителя Алексия, преподобного Сергия Радонежского и князя Дмитрия Донского в нужный момент вокруг Москвы сплотились русские княжества, и это объединение стало основой будущей победы на Куликовом поле.
Приняв постриг, Алексий погрузился в водоворот столичных забот. Феогност приблизил молодого человека к себе и поручил управление судебными делами Церкви в звании наместника митрополита. С подачи всё того же Феогноста получит сан епископа Владимирского, а позже сменит своего наставника на должности митрополита.
Несколько раз Алексий бывал в Константинополе. В том числе в феврале 1354 года с подорожной грамотой на проезд от ханши Тайдулы[16] (ханша официально приказывала ордынским властям не чинить святителю никакого вреда) для решения вопросов Московской митрополии. Второй раз в 1356 году, в разгар борьбы за титул митрополита Киевского. Именно после этой поездки произошло примечательное (но не удивительное для такого человека) событие. Возвращаясь домой, Алексий и его люди попали в страшную бурю. Присутствующие оказались на волоске от гибели, но святая молитва помогла им выжить. Буря прошла стороной, не зацепив корабль. После чудесного спасения, Алексий дал обет устроить храм во славу божию и славу Святого дня, когда всё это случилось (день празднования Спаса Нерукотворного). В результате Алексием был основан московский Спасо-Андроников монастырь на Яузе.
В 1358 году после посещения Константинополя Алексий отправился в Киев, но, попав в эпицентр религиозно-церковных распрей, был взят под арест. В плену он провел два года, подвергся самым разным мытарствам, но и это не сломило его характера и не изменило деятельной натуры. Стоило Алексию оказаться дома, на родной земле, он занялся распределением епископов по местам, пустующим после моровой язвы. Но и кроме этого было чем заняться. Ещё до возвращения Алексия великий князь Иван II скончался и престол занял его девятилетний сын Дмитрий. Переход власти к несовершеннолетнему правителю не мог обойтись без боярских распрей, придворных интриг и страстей. Усугубляла ситуацию смута в Орде. Ярлык на Великое княжество Владимирское достался Суздальско – нижегородскому князю Дмитрию Константиновичу. Алексий стремился сохранить верность правящей династии, но взял вынужденную паузу, для того чтобы дождаться подходящего момента для осуществления своих планов. Как только такой момент настал, он успешно инициировал через московских послов пересмотр дела. В результате великокняжеский ярлык был передан двенадцатилетнему Дмитрию Ивановичу Донскому, Алексий поспособствовал заключению полезного брака Дмитрия Ивановича с Евдокией Суздальской – дочерью Дмитрия Константиновича.