На курсы поступали призванные из запаса политработники и командиры Красной армии и Военно-Морского флота, разные по возрасту, общеобразовательной и военной подготовке. Отбором кандидатов на учебу занимались Особые отделы внутренних военных округов страны.
В основу обучения на краткосрочных курсах было положено общее знакомство с организацией оперативной работы в войсках. В конце июля 1941 г., после определения степени подготовки, был произведен первый выпуск курсантов. Все они направлялись в распоряжение Особых отделов НКВД фронтов. 29 июля 1941 г., в соответствии с указанием НКВД СССР, был проведен второй набор курсантов в количестве 500 человек. Обращает на себя внимание интересный факт. В июле 1941 г. был призван из запаса Пономарев Константин Николаевич, после окончания курсов при Особом отделе НКВД по СибВО 1 сентября 1941 г. он был назначен начальником ОО НКВД 362-й стрелковой дивизии, которая 29 ноября 1941 г. была отправлена на фронт по Москву. Закончил войну Константин Николаевич в Кенигсберге в должности заместителя начальника отдела контрразведки «СМЕРШ» 11-й армии.
Пополнившие ряды военных контрразведчиков оперативники из территориальных органов НКВД и НКГБ, а также военнослужащие с командных и политических должностей армии и флота, не имели достаточной специальной подготовки, не владели информацией о методах и тактике действий противника, тем более в военное время. Армейским чекистам вновь, теперь уже в боевой обстановке, приходилось перестраивать свою деятельность.
В интересах подготовки оперативных сотрудников для территориальных органов НКВД-УНКВД, а также особых отделов с 17 декабря 1941 г. при Отделе кадров НКВД СССР (с местом дислокации в г. Куйбышеве) были организованы 3-месячные курсы по подготовке оперативного состава в количестве 500 человек [6. С. 92].
Для проведения занятий по специальным предметам в качестве лекторов привлекали оперативный состав управлений и отделов НКВД СССР и УНКВД по Куйбышевской области. По военным предметам в качестве преподавателей подбирали лиц из командного состава куйбышевского гарнизона. В боевых условиях и в ходе проведения специальных операций органы госбезопасности несли значительные потери. Только среди военных контрразведчиков с 22 июня 1941 г. по 8 октября 1942 г. погибло и пропало без вести около 8 тыс. человек [Там же. С. 90].