После гибели в Орде Юрия Данииловича московским князем становится его младший брат Иван Даниилович Калита. Он был единственным претендентом на княжество, так как на тот момент из пяти сыновей Даниила Александровича в живых оставался только он. Иван Калита продолжил присоединение земель, причем различными способами. Именно он уговорил митрополита Петра поселиться в Кремле, и Москва стала постоянным местопребыванием русских митрополитов. Иван Калита добился права собирать дань в пользу ордынских ханов, отбив эту привилегию с помощью войск Золотой Орды у тверского князя Александра Михайловича. Он смог так построить взаимоотношения с ханом Золотой Орды, что при его помощи устранял угрожающих соперников, а также подчинял себе удельных князей.
Удачная политика князя позволила ему сильно разбогатеть, что еще больше повысило статус Москвы. Владимир постепенно уступает свое первенство Москве, оставаясь столицей де-юре, а Москва получает эту роль де-факто. Иван Калита вел в Москве широкое строительство – возводились каменные храмы, вместо обветшавших старых крепостных укреплений был построен дубовый кремль, территория которого значительно расширилась за счет части посада, примыкавшего к старому Кремлю с востока. В Симеоновской летописи конца XV в. говорится, что при нем наступила «тишина велика на 40 лет и пересташа погании воевати Русскую землю и закалати христиан, и отдохнуша и починуша христиане от великиа истомы и многыа тягости от насилиа татарскаго».[10]
В это время Москва уже обросла ремесленным и торговым посадом – слободами. Основная часть населения жила за пределами Кремля, в «Великом посаде», позднее получившим название Китай-город, частично были заселены две другие части города – Занеглименье, пространство к западу от речки Неглинной и Заречье – за рекой Москвой.
В это время зарождается система третного управления Москвой. Еще при жизни, уезжая в Орду Иван Калита в 1328 г. составил завещание, которое дошло до нас в виде двух духовных грамот, в которых он оставляет столичный город княжества Москву в совместное владение трем своим сыновьям: «Приказываю сынам своим отчину свою Москву».[11] Кроме этого старшему сыну Семену Гордому отписаны Коломна и Можайск со всеми их волостями, среднему сыну Ивану Красному – Звенигород и Руза, младшему Андрею – Серпухов. После смерти Ивана Калиты в 1340 г. его сыновья заключили между собой договор «О бытии им между собой в согласии и вечном мире; О взаимном вспоможении противу общих их неприятелей; О управлении всякому своими землями, по учиненному Отцом их разделу».