.
Начиная с 1990-х гг. значительно повысился научный уровень опубликованных сборников. Улучшился отбор документов, их систематизация и археографическая обработка. К числу наиболее крупных документальных сборников следует сборник документов по Великой Отечественной войне, 9 том которого посвящен партизанскому движению[76]. В него включено большое количество документов Центрального штаба партизанского движения, которые ранее были засекречены.
В 1994-2000-х гг. вышли публикации ранее секретных материалов, касающихся проблем участия органов госбезопасности в Великой Отечественной войне[77]. Это уникальный массив источников, раскрывающий многогранную деятельность чекистских органов по достижению победы над гитлеровской Германией. В данных сборниках представлены документы, в полной мере показывающие разведывательно-диверсионную, контрразведывательную и специальную деятельность органов госбезопасности на оккупированной советской территории.
В 2001 году при участии Управления ФСБ России по г. Москве и Московской области были опубликованы документы и материалы, рассказывающие об участии московских чекистов в разгроме немецко-фашистских войск под Москвой. Большое количество документов посвящено деятельности чекистов в тылу противника. Уникальность этого издания заключается в том, что в нем, содержатся документы, впервые доступные для исследователей. Вместе с тем, в качестве критики хочется отметить, что ссылок на первоисточники, в частности хранящихся в архиве ФСБ, в сборнике нет.
Следует отметить, что остаются актуальными некоторые источники по истории партизанского движения, опубликованные в советское время. Несмотря на то, что они не освещают деятельность органов госбезопасности СССР на оккупированной советской территории, в них можно найти общую и уточняющую информацию[78].
Материалы, затрагивающие ряд направлений деятельности чекистов в тылу врага можно обнаружить в Российском государственном архиве социально-политической истории (РГАСПИ), в Российском государственном военном архиве (РГВА), Государственном архиве Российской Федерации (ГАРФ), Центральном архиве Министерства Обороны Российской Федерации (ЦАМО РФ).
Определенную ценность представляют документы, хранящиеся в регионах, территория которых была оккупирована в годы Великой Отечественной войны, прежде всего, в областных архивах ФСБ России и бывших партийных архивах.