Вместе с тем сегодня кажется не вполне правильным считать, что Голубиная книга целиком обязана своим возникновением христианской мифологии. Житие Авраамия Смоленского, бесценный памятник древнерусской литературы, написанное примерно в 1224–1237 гг., упоминает о том, что он читал некие «глубинныя книгы» – надо полагать, апокрифы. Но, возможно, эти таинственные книги уже содержали и отголоски языческих представлений. Основанием для подобного предположения, распространяющегося и на доступные нам списки Голубиной книги служит сходство содержащихся в нем космогонических представлений с общеиндоевропейскими и дохристианскими славянскими. Неоднократно высказывалось даже суждение, что перед нами – славянский космогонический миф, облеченный внешне в православную форму, как ее представляли простые люди.
В недавнее время (1970‐е гг.) такой точки зрения придерживался, в частности, В.Н. Топоров, обращая внимание на общераспространенность представления о происхождении Вселенной из тела космического первочеловека. Он пытался проследить связь стиха с творениями гностиков начала нашей эры, например, Валентина (II в. н. э.). Могло ли случиться, что неведомые сочинители его были знакомы с трудами античных гностиков? Это кажется почти невероятным, но то, что какие-то взгляды гностиков перешли «по наследству» к богомилам, не вызывает сомнений. Богомильские же идеи на Руси, несомненно, известны были.
В.Н. Мочульский делает упор именно на библейские и христианские источники текста, пусть даже и апокрифические. И он, несомненно, во многих отношениях прав, что и доказывает большое число приводимых им текстов и параллелей. Но если Голубиная книга возникает ранее XV в., пусть даже не как единое целое, то отбрасывать предположение о ее языческом происхождении неправильно. Справедливее считать, что доступный нам текст, впервые опубликованный только в XIX в., появляется как следствие длительного складывания и фактически самостоятельного бытования отдельных его составных частей, предположительно, сложенных только в позднее время. Проследить все изменения, которые претерпевал «центральный образ» русского духовного стиха на протяжении веков существования, сегодня едва ли возможно, поскольку перед нами образец в первую очередь устной народной традиции, а из этого следует существование великого множества вариантов памятника. Не случайно только В.Н. Мочульский сам упоминает несколько десятков списков стиха, а если же допустить, что сейчас их известно несколько больше, то вполне естественно находить в записанных текстах разночтения.