Суд над Романовым бросил тень на князя Бориса Лыкова, женатого на родной сестре Федора Никитича. Борис Годунов не подвергал Лыкова прямой опале, но при первом подходящем случае послал его на воеводство в пограничную крепость Белгород.
Едва положение Лыковых пошатнулось, энергичная Мария Пожарская решила затеять с ними тяжбу. Будучи боярыней царевны Ксении, Мария предъявила счет княгине Лыковой, служившей в том же чине у царицы Марии Годуновой. Женщинам не положено было судиться между собой, и Мария поручила защиту фамильной чести своему сыну. В октябре 1602 года Дмитрий предъявил иск «в материно место» княгине Лыковой. Стольник рисковал тем, что его выдадут Лыковым, предки которых еще при Грозном сидели в Боярской думе. Но времена переменились.
Царь Борис оказал милость Пожарскому, велев боярам рассудить его с Лыковым. На суде князь Дмитрий избрал необычный путь защиты фамильной чести. Он ссылался на то, что его прапрапрадед был старшим сыном удельного князя, от младших сыновей которого пошли бояре Стародубские, Ряполовские и прочие. С помощью блестящего родословия «младшей» братии князь Дмитрий и пытался доказать свое превосходство над Лыковым. Второй аргумент Пожарского состоял в том, что честь дворянину дается по царской милости. «Коли надо мной, холопом государя, – говорил он, – милость царская воссияла, и я по его царской милости такой же стольник, как и он, Борис Лыков, – и то дело чтется царским милосердием, и в чести живут (дворяне) и в бесчестье».
Аргументы Пожарского не произвели впечатления на бояр, и суд остался «невершеным». Но Борис Лыков не простил Пожарскому унижения и несколько лет спустя подал царю Василию Шуйскому извет на него. «Прежде, при царе Борисе, – писал Лыков, – князь Дмитрий Пожарский доводил на меня царю Борису многие затейные доводы, будто я, сходясь с Голицыным и со князем Татевым, про него, про Бориса, рассуждаю и умышляю всякое зло; за эти затейные доводы царь Борис и царица Марья на мою мать и на меня положили опалу и стали гнет держать без сыску». При Шуйском знать охотно ссылалась на преследования со стороны Годунова. Однако Борис Лыков преувеличивал, говоря о своей опале. Если Лыковы чем и навлекли на себя немилость царя Бориса, так это своей к нему враждой.