В 1946 году освободилось место члена палаты представителей в конгрессе США от 11-го округа в Массачусетсе, куда входила значительная часть Бостона и где демократы традиционно выигрывали выборы. Освободилось это место благодаря Джозефу Кеннеди-старшему, который предложил тогдашнему конгрессмену-демократу баллотироваться на пост мэра Бостона, обещая свою поддержку, и действительно обеспечил избрание Джеймса Майкла Курли на искомый пост. Таким образом, место в палате представителей освободилось фактически для Джека, который с большим преимуществом победил своего противника от республикнцев.
В 1947–1953 годах Кеннеди представлял округ Бостон в палате представителей конгресса США от Демократической партии. Победить на выборах ему во многом помогло то обстоятельство, что в его округе было много католиков – иммигрантов из Италии и Ирландии и их потомков. Во время первой своей предвыборной кампании Кеннеди выглядел больным, что избирателям объясняли поврежденной на войне спиной, тщательно скрывая болезнь Аддисона. Джозеф-старший потратил на кампанию сына солидную по тем временам сумму в 300 тыс. долларов. Широко распространялись листовки с журнальной статьей о подвигах Кеннеди и экипажа торпедного катера РТ-109. Джон Кеннеди потом уверял, что во время предвыборной кампании он спал по четыре часа в сутки.
Кеннеди был членом Комитета по труду и образованию. Кеннеди делал упор на социальные проблемы, настаивая, что конгресс и правительство должны больше внимания уделять повышению зарплаты, улучшению условий труда, снижению квартирных цен, помощи и льготам ветеранам войн и пенсионерам. В этом Кеннеди поддерживали профсоюзы, традиционно ориентировавшиеся на демократов. Кеннеди был одним из разработчиков законопроекта о жилищном строительстве, направленном на снижение квартплаты. Но в 1948 году он был провален республиканцами и консервативной частью демократов. Кеннеди также ратовал за определенное расширение прав профсоюзов, но считал, что слишком много власти им давать тоже нельзя. Во время обсуждения законопроекта Тафта – Хартли, направленного на ограничение прав профсоюзов, особенно права на забастовку, Кеннеди заявил, что как предприниматели, так и профсоюзы часто ведут себя своекорыстно и что забастовщики порой ведут себя безответственно. Кеннеди мог действовать относительно свободно и самостоятельно, так как, благодаря состоянию судьбы, не зависел от какой-либо группы лоббистов. Он предупреждал, что «принятие законопроекта Тафта – Хартли вызовет жестокую и опасную войну с профсоюзами и сыграет на руку профсоюзным радикалам, проповедующим доктрину классовой борьбы». Кеннеди был одним из 79 членов палаты представителей, голосовавших против этого законопроекта, принятого и в палате представителей, и в сенате подавляющим числом голосов.