На протяжении первой половины 1942 г. органы военной контрразведки зачастую путем проб и ошибок продолжили вырабатывать оптимальную для военного времени систему организации своей оперативной работы. В условиях продолжавшихся ожесточенных боев на всех фронтах, отмобилизования новых частей и соединений, значительных потерь среди личного состава военной контрразведки и прихода им на смену сотрудников из территориальных и транспортных органов безопасности войсковых офицеров сделать это было не так просто. Неслучайно основные результаты по разоблачению и задержанию агентуры, диверсантов и террористов спецслужб противника были достигнуты в начальный период войны во многом в результате фильтрационной работы.
Деятельность особых отделов НКВД в годы войны по проверке и фильтрации военнослужащих, вышедших из окружения или бежавших из плена, является объектом критики многих современных исследователей истории советских органов государственной безопасности. Нельзя не согласиться, что для военнослужащих, зачастую с боями вышедших из окружения или бежавших из плена, было морально тяжело проходить проверку и подвергаться допросам со стороны работников особых отделов. Имели место и нарушения, в том числе грубый нажим на проверяемых. Однако нельзя не учитывать остроту переживаемого момента, а также реальную практику спецслужб противника по заброске своей агентуры в советский тыл под соответствующей легендой. К тому же сотрудники особых отделов подходили к организации проверки избирательно. Для военнослужащих, вышедших из окружения в составе подразделений, как правило, проверки не было, либо она была минимальной. Более серьезная работа велась в отношении лиц, вышедших из окружения или бежавших из плена в одиночку либо при сомнительных обстоятельствах.
По мере накопления опыта система мер по розыску агентуры противника органов военной контрразведки совершенствовалась, и уже к концу 1942 г. основные результаты стали приносить оперативно-разыскные, заградительные, чекистско-войсковые и другие оперативные мероприятия, а не фильтрационная работа.
Проверка и опрос военнослужащих, находившихся в плену или вышедших из окружения при сомнительных обстоятельствах, практиковались вплоть до окончания Великой Отечественной войны. Однако помимо фильтрационной работы военная контрразведка стала получать очень ценную информацию от своих агентов, внедренных в разведывательные органы и разведывательные школы противника, а также из других источников. Результаты зафронтовой работы активно использовались органами военной контрразведки для организации розыска агентов абвера, прошедших обучение в разведывательных и диверсионных школах и заброшенных в советский тыл. Ставшие известными особенности тактики заброски, экипировки агентов и диверсантов врага, признаки фиктивности документов доводились контрразведчиками до военного командования, личного состава, участвовавшего в несении комендантской и патрульно-постовой службы.