Несмотря на физическую слабость, император продемонстрировал свою не уменьшающуюся умственную силу, начав богословский спор. От любого мусульманина, обращенного в христианство, требовалось отречься от своей веры в бога Мухаммеда как истинного Бога, который и не породил никого, и сам не был рожден. Мануил считал такое экстремальное отвержение оскорбительным для потенциальных новообращенных и еще до марта 1180 г. предложил убрать его из катехизиса и надписи в Святой Софии. Духовенство немедленно отреагировало, и, когда император попытался перехитрить их, издав гражданский указ, общественное мнение сделало его распоряжение недействительным. Разгневанный таким противодействием и своей болезнью, Мануил собрал епископов в Скутари в мае 1180 г. и пригрозил им собрать полный собор, включая папу римского, так как, по его словам, существующая формулировка отлучает от церкви Самого Бога. Евстафий, митрополит Солунский, поддержанный патриархом Феодосием, высказался против предложения императора. Спор продолжался, но после проволочек и увиливаний Мануила обе стороны осознали необходимость прийти к компромиссу. Соглашение, заключенное в мае 1180 г., исключило былое предание анафеме бога Мухаммеда; новообращенные вместо этого должны были проклясть самого Мухаммеда, его учение и его последователей. Император одержал победу в том, что убрал оскорбительные упоминания мусульманского Бога, тем самым облегчив путь для новообращенных, а епископы предотвратили любое обвинение в том, что Аллах – это еще одно имя христианского Бога, как явствует из православного катехизиса.
В то время как Мануил боролся с иерархами, он также прикладывал большие усилия в дипломатии. Наша информация об этой его деятельности исходит в основном от Вильгельма Тирского, который в 1179 г. возвратился с Третьего Латеранского собора, который проходил в Риме, и добрался до Константинополя в конце сентября. Там он вел беседы от имени папы Александра, хотя и неизвестно, какое именно дело у него было к императору. (Находясь в городе, он имел возможность видеть бракосочетания юного Алексея и Марии Порфирородной.) Вильгельм понимал греческий, и Мануил уважал эту его способность и знал, что Вильгельм занимает высокое положение в Иерусалиме. Архиепископ свидетельствует, что правитель осыпал его и его епархию привилегиями. 23 апреля 1180 г. он получил разрешение возвратиться в Палестину вместе с посольством Византии, состоявшим из знатных и известных людей. 12 мая четыре имперские галеры достигли порта Антиохии.