Судебная система была частью обычной администрации империи. Существовали различные местные и региональные судьи, но правители провинций часто брали на себя их функции. В Константинополе было несколько главных судов: в Уложении Мануила I перечислены четыре, а в других документах – остальные. Разделение сфер их юрисдикции остается неясным. Сам император мог слушать любое дело, передать его в любой суд или сформировать особый суд по своему желанию. Судей обычно величали judges of the velum (судьи велума; велум – ткань, занавешивающая вход в тронный зал. – Пер.) по названию бывшего суда в Большом дворце. Исполнение функций судьи было не профессией, а лишь обычной ступенью (и даже не очень продвинутой) в карьере чиновника. В конце XII в. суды, по-видимому, больше приводили в исполнение недавно принятые имперские указы и привилегии, нежели более старые своды законов, такие как Базилики. В сельской местности качество правосудия было низким, но столичные суды стремились действовать согласно букве закона.
Армия требовала к себе немало внимания императора. Комнины зависели от крупных землевладельцев и иностранных наемников в части формирования армии. Ядро армии состояло из одетых в доспехи рыцарей, каждому из которых требовались значительные земельные владения для своего содержания. Среди наемников были славяне, венгры, норманны и «франки» (обобщенное название западноевропейцев), а скандинавы и англосаксы входили в варяжскую гвардию. Качество этих вооруженных сил всегда было сомнительным: византийские воины иногда вели себя храбро и дисциплинированно, но их боевой дух редко был высоким, и иногда они отказывались сражаться. Сам император зачастую вставал во главе своего войска, а в его отсутствие командование обычно брал на себя один из его родственников. Это часто помогало предотвратить военные бунты, но не гарантировало победы: так как командующие часто оказывались совершенно некомпетентными, многие армии были разбиты. В плане поддержки с моря Комнины полагались на Венецию до тех пор, пока Мануил не осознал ненадежность этой опоры. Он построил новый флот немалых размеров: в 1169 г. двести византийских военных кораблей появились у Думьята в Египте. Но этот флот был утрачен его преемниками. В 1203 г., когда близился Четвертый крестовый поход, у императора не было кораблей и было совсем немного солдат, чтобы противостоять ему. Почти в одиночку город обороняли варяги.