Наступил 1685 год, и бесконечный праздник порядком утомил и самих гуляк. Настало время возвращаться к делам государственным. От длительного безделья и многочисленных обильных возлияний Лефорт погрузился в глубокую хандру. Бывало, он целыми днями просиживал дома, не показываясь на людях, игнорируя приглашения друзей. Подобные перемены в поведении всеобщего любимца не остались незамеченными, прежде всего для Бориса Алексеевича Голицына. И чтобы хоть как-то привести Лефорта в чувство, князь собрался поставить его во главе конного полка в тысячу сабель и отправить в Казань навести порядок. Но обстоятельства сложились иначе, подполковника Лефорта с батальоном солдат направили в сторону Украины в помощь российским крепостным гарнизонам, страдавшим от участившихся набегов крымских татар. В Кизилевских степях батальону не раз приходилось участвовать в стычках с отрядами степняков. Осенью 1685 года войска получили приказ отступить, и зимой Лефорт был уже в Москве.
Нестабильная обстановка на российских границах требовала принятия радикальных решений.
В мае 1687 года состоялся Первый Крымский поход князя Василия Голицына. В этом походе во главе батальона в 1900 человек в составе 1-й дивизии генерала Венедикта Андреевича Змеева участвовал и Франц Лефорт. Из-за тяжелых климатических условий, вспышек эпидемий, нехватки продовольствия и фуража военная экспедиция закончилась полным провалом. В период боевых действий Лефорт – образец стойкости и мужества, неотлучно находился возле своего командира, тем самым снискав глубокое уважение генерала Змеева.
Неудачный исход Крымской кампании нисколько не отразился на карьере Лефорта. Летом 1687 года по возвращении в Москву князь Василий Голицын представил Лефорта государям и царевне Софье как доблестного героя. Государыня удостоила его денежной премией и произвела в полковники.
В феврале 1689 года состоялся Второй Крымский поход, который так же, как и предыдущий, закончился полным провалом. Вместе со всеми испытал горечь поражения и Франц Лефорт. В Москве же началось открытое противостояние между Петром I и царевной Софьей, закончившееся победой будущего реформатора. Софью отправили в монастырь, Василия Голицына – в ссылку.
Казалось, над близким к ним Лефортом нависли тучи, но гроза прошла стороной. Петру I импонировал образованный чужеземец, в общении с ним он получал ответы порой на самые каверзные вопросы. Молодого государя интересовало практически все, что было связано с заморскими традициями, методами ведения хозяйства, но больший акцент неизменно ставился на принципах государственного устройства и военном деле.