В 1671 году флибустьеры под руководством англичанина Генри Моргана завоевали город Панаму. С этого времени начинается второй период (1671–85 годы) истории флибустьеров, апогей их силы. Завоевание Панамы дало им возможность укрепиться на западном берегу Америки и распространить свои действия на тихоокеанское побережье Америки от Калифорнии до Чили. В это время их чёрный флаг с мёртвой головой наводил ужас не только на испанские торговые корабли, плававшие у берегов Америки, но и на корабли других наций, даже на военные суда. В 1683 году флибустьеры под командой голландца Ван Горна разграбили Веракрус, в 1684 году – несколько городов в Перу, в то же время группа флибустьеров под начальством француза Грамона произвела значительные опустошения в Мексике.
Приблизительно с 1685 года начинается третий и последний период в истории флибустьеров – период довольно быстрого упадка. Он объясняется отчасти тем, что флибустьеры начали делаться неудобными не только для испанцев, но и для французов и англичан. Политическое значение их стало уменьшаться из-за их чисто разбойничьего характера, вследствие чего правительства, прежде покровительствовавшие им, начали относиться к ним враждебно. Содействовала этом и война между Францией и Англией, вызвавшая раздоры в среде самих флибустьеров. Последнее крупное их предприятие была попытка разграбить Картахену в 1697 году. В числе 1200 человек они взяли этот город, но подверглись нападению со стороны англо-голландского флота и после жестокого кровопролития были рассеяны. Затем они были разбиты в других местах и к началу следующего столетия начали совсем исчезать. Их поселения на Гаити вошли в состав французской колонии Сан-Доминго. В 1706 году на Багамских островах была основана неформальная Республика Пиратов. Там обосновались около 20 пиратских команд, в том числе отряд Чёрной Бороды. Деятельность этих пиратов сеяла хаос среди судоходства и торговли на Карибских островах, пока британский моряк Вудс Роджерс в 1718 году не прибыл в Нассау с королевским помилованием и не восстановил там британский контроль.
За этот заключительный период прославились пираты Чёрная Борода и Сид Боннет, действовавшие в Карибском море в 1716–1718 годах, а также Чарльз Вейн, чья карьера длилась с 1716 по 1718 годы. Прославленный