Однако, наступали сложные времена – Римская империя рухнула, Багдад захватили турки, а католическая церковь запретила западным купцам торговать с «неверными» – мусульманами.
Из специй стали составлять смеси и благовонные масла. В Средиземном море появилась новая морская торговая держава – Венеция, купцы которой уговорили папу Иннокентия III в виде исключения разрешить вести с мусульманами торговлю пряностями. С начала XIII века право торговли было поделено между Венецией, Генуей и Пизой, им разрешили основать свои торговые центры в Индии. В Генуе пряности были и денежными единицами – ими можно было расплачиваться с кредиторами, а в качестве жалования наёмным солдатам платили 48 золотых монет и 2 фунта перца. Затем Венеция стала единоличной столицей по торговле пряностями в Европе.
Арабские легенды о змеях, птицах и прочих чудовищах, охранявших специи, развеял путешественник Марко Поло. Двадцать четыре года он путешествовал по Китаю, Азии и Индии. Его строки об острове Ява, где свободно растут перец, мускатный орех, гвоздика и все прочие пряности и лекарственные растения, вдохновят многих мореплавателей на то, чтобы снарядить корабли и отправиться за специями.
Португалец Васко да Гама нашёл ближайший путь до Индии и наладил торговлю Португалии с индийской Калькуттой. На родину он вернулся с трюмами, наполненными мускатным орехом, гвоздикой, корицей и имбирём.
Роль столицы специй, которой так дорожила Венеция, перешла к Лиссабону – португальцы и испанцы уже давно выступали против венецианских цен на пряности. Бизнес они вели жёстко – на подконтрольных плантациях устраивали карательные экспедиции, пытаясь поймать контрабандистов, а малейшего подозрения в контрабанде было достаточно, чтобы казнить человека.
Кроме того, если в каком-либо селении на Молуккских островах были обнаружены молодые всходы мускатника или гвоздики, все население подвергалось наказаниям, все саговые и кокосовые пальмы – единственный источник питания местных жителей – беспощадно вырубались, а пойманных туземцев секли плетьми и палками, а то и убивали. Распространение и высаживание в личных целях семян пряных растений было строго запрещено. Только в начале XIX века благодаря голландскому зоологу Темминку выяснилось, что все это время население островов страдало совершенно зря – в распространении семян мускатного ореха и гвоздики были виноваты птицы, переносившие семена в своих желудках и естественным путём «высаживая» их, где придётся.