Стоит учитывать, что представляло собой в то время Восточно-Сибирское управление. Рядом Китай, настоящий котёл политических партий и интриг. Сталин вмешивается в бурлящую политику региона, причём не открыто, а тайно, через Голованова. У него отличное прикрытие: он не военный, не агент НКВД, не дипломат, а обычный гражданский лётчик. Косвенные свидетельства тому – три монгольских боевых ордена, неафишируемые награды от Чан Кайши и Мао Цзэдуна.
За отличие в службе в период сражений на Халхин-Голе А. Е. Голованову был вручён орден Красного Знамени.
В 1937 году до Иркутска докатилась волна репрессий. Арестовали нескольких работников управления. Голованов, насколько это было в его силах, старался защитить людей от преследований или хотя бы смягчить обрушившуюся на них кару. Бывший заместитель начальника политотдела управления В. Бирюков, один из немногих, кому посчастливилось избежать последствий кровавых репрессий, вспоминал: «Тот, кого я называл своим самым близким другом, решил подстраховаться и написал ложный донос на меня. А тот, кого я резко критиковал на партсобраниях за промахи в работе, – это Голованов – показал себя в высшей степени порядочным человеком. Он возбудил ходатайство о моём освобождении, написал объективную характеристику, на основании которой меня освободили».
Были подобные «друзья» и у Голованова, благодаря которым он оказался под угрозой ареста. В 1937 году вдруг был исключён из партии. А. Е. Голованов: «…лишь благодаря своевременному предупреждению моих товарищей из НКВД, с которыми мне довелось работать в 1925–1930 годах, мне удалось, в прямом смысле этого слова, бежать из Иркутска в Москву и избежать ареста. Общаться со мной в то время избегали. Многие знакомые, встретившись со мной на улице, загодя переходили на другую сторону… Бюро крайкома исключило меня из партии за то, что начальник одного из аэропортов на реке Лене пьянствовал, растратил какую-то сумму денег и бежал…»[3]
Там Александр Евгеньевич добился встречи с председателем Центральной контрольной комиссии ВКП(б) и доказал свою невиновность. В Центральной контрольной комиссии ВКП(б), сопоставив материалы «дела» об исключении Голованова из партии, за которым должен был следовать неминуемый арест, и представление лётчика к ордену Ленина за выдающиеся успехи в работе, приняли соломоново решение: в ордене отказали, а жизнь, свободу и членство в партии сохранили.