В 1549 г. Папа Адриан VI установил количество францисканцев в миссии на только что завоеванном полуострове Юкатан – двенадцать по числу апостолов. Среди них был и молодой священник Диего де Ланда, которому исполнилось 24 года. Францисканцы неусыпно проповедовали христианство среди местного населения, основывали новые приходы, открывали католические школы для индейских детей, а на развалинах древних храмов и пирамид майя возводили католические храмы и часовни. Следуя рекомендациям, приходившим из Старого Света от имени короля и Папы, миссионеры изучали традиционную культуру аборигенов и составляли отчеты об их быте и нравах.
Как и другие францисканцы, Ланда усердно изучал язык, историю и обычаи страны, стремясь как можно надежнее подчинить местное население христианскому влиянию. Он старался понять этот чуждый непостижимый мир, чтобы преобразовать его в духе христианских идеалов. Ланда свято верил, что благодаря его усилиям божественная благодать нисходит на языческую индейскую землю и что христианские миссионеры служат добрыми пастырями для местных жителей и их заблудших душ. Сохранилась копия его портрета в церкви францисканского монастыря в Исамале, основанного испанцами на Юкатане: аскетически худое лицо, опущенные долу глаза, высокий лоб, глубокие складки, подчеркивающие непреклонную волю.
Диего де Ланда пылко усердствовал в делах веры, быстро поднимался по карьерной лестнице и вскоре стал главой францисканцев в провинции на Юкатане (первым провинциалом). Получив власть, фанатичный Ланда учредил инквизицию. Обнаружив, что недавно крещеные индейцы массово отпадают от христианства и возвращаются к язычеству, он приказал хватать подозреваемых отступников от святой веры; их выставляли на всеобщий позор и подвергали истязаниям.
В 1562 г. он устроил аутодафе в городе Мани, одной из древних юкатанских столиц, ставшей важным центром миссионерской деятельности. В число поруганных языческих святынь, преданных огню, попали и бесценные рукописные сокровища майя, образцы их древней культуры. Ланда не сомневался, что они были написаны по коварному дьявольскому наущению и потому подлежали полному уничтожению во имя спасения душ погрязших в идолопоклонстве индейцев. Веря, что он ведет праведную борьбу с засильем греховности, Ланда написал, что в книгах майя «…не было ничего, в чем не имелось бы суеверия и лжи демона, мы их все сожгли; это их удивительно огорчило и причинило им страдания»