Юкатан был только что завоеван, и индейцы еще продолжали сопротивляться заокеанским захватчикам. Католическая церковь спешила уничтожить древнюю индейскую культуру и превратить индейцев в «добрых христиан», т. е. в своих покорных рабов. В 1545 г. в Юкатане появились первые четыре миссионера, посланные верховным комиссаром (Comisario General) францисканцев в Мексике Мартином де Охакастро. В 1547 г. один из этих миссионеров, Николас де Альбалат, отправился в Испанию в качестве уполномоченного и возвратился в 1549 г. с пятью францисканцами, в числе которых был и Диего де Ланда.
Способности и усердие сразу выдвинули его, и он в первый же год был назначен помощником настоятеля только что основанного в Исамале монастыря Сан-Антонио. В то же время он обучал детей знатных индейцев, насильственно взятых монахами в монастырь. Как пишет сам Ланда, именно в этом 1549 г. «по просьбе индейцев» монахи заняли под монастырь одно из древних зданий в Исамале.
К 1553 г. Ланда становится настоятелем монастыря, а еще через несколько лет – хранителем (Custodio) всей юкатанской миссии. В 1561 г. по решению францисканского ордена Юкатан и Гватемала были превращены в единую церковную провинцию, и Ланду избрали первым провинциалом (т. е. главой францисканцев в провинции).
Получив высшую духовную власть, Ланда проявил себя как ярый фанатик. Уже в следующем году, обнаружив массовое отпадение недавно крещеных индейцев от христианства, он учредил инквизицию в Юкатане. По его приказу было схвачено множество подозреваемых в отступничестве. С них снимали допросы под пыткой. Инквизиционные трибуналы развернули свою страшную деятельность во многих городах Юкатана. 12 июля 1562 г. Ланда устроил в одной из древних юкатанских столиц, г. Мани, аутодафе, во время которого было уничтожено множество языческих святынь, в том числе рукописи, написанные иероглифическим письмом; отпавшие от христианства индейцы были выставлены на позор и подверглись жестоким истязаниям. Через месяц после этого аутодафе в Юкатан прибыл епископ Тораль. Жестокости Ланды вызвали недовольство даже епископа. Он немедленно приостановил преследование отпавших от христианства индейцев. Поведение епископа в значительной степени объясняется разгоревшейся в это время враждой между испанскими завоевателями-конкистадорами и францисканскими монахами (см. гл. XVII). Ланда протестовал против распоряжений епископа и в 1564 г. выехал в Испанию, чтобы оправдаться в своих действиях перед Советом по делам Индий. Виднейшие богословы Испании оправдали его, и в 1573 г. он возвратился в Юкатан в качестве епископа г. Мериды. Он умер в Мериде в 1579 г., «окруженный ореолом святости», как говорит Когольюдо, его первый биограф.