Впоследствии этот список богов стали называть Владимировым пантеоном. Перун упоминается в нём первым, поэтому считается, что он стоял во главе пантеона. Об этом же писал в VI веке византийский историк Прокопий Кесарийский: «…Они считают, что один из богов, творец молний, является владыкой над всеми, и ему приносят в жертву быков и совершают другие священные обряды».
Безусловную важность Перуна передаёт реконструированный исследователями «основной миф», то есть предполагаемый главный сюжет индоевропейской мифологии. В его основе лежит конфликт между небесным богом-громовержцем и его антагонистом, богом Велесом, живущим на земле. Велес прогневал Перуна тем, что похищал скот, людей, а может быть, даже и жену бога. Громовник преследует своего врага, расщепляет дерево и раскалывает камень, под которыми тот прячется, мечет в него стрелы. В результате громовержец побеждает. Его победу знаменует дождь, омывающий землю и несущий плодородие.
Бога-победителя считают не только распорядителем молний, но и покровителем князя и его дружины, помогающим в военных делах. Седовласого воина-Перуна изображали в виде всадника на коне или колеснице, поражающим Велеса. Перун был вооружён камнями, стрелами и топорами. Топоры считались важным атрибутом богов грома в мифологиях разных народов (например, ассирийского бога грозы Раммана). В древнерусских землях было найдено много амулетов в виде маленьких топориков. Считается, что их выдавали отрокам во время постригов, и их носили сначала в качестве оберега, а после вступления в дружину воины носили топоры как символ принадлежности к ней.
Священным символом Перуна считался дуб. Это дерево, как и бог-громовник, воспринимается как воплощение сильного мужского начала. Лингвисты утверждают, что само название «дуб» является более поздним эвфемизмом, заменяющим исконное табуированное название с корнем *perkṷu. Этот корень сохраняется в названиях этого дерева на литовском (Perkūnas) и латышском языках (Pērkons). Известно, что на Руси приносили в жертву священному дубу Перуна петухов, мясо, хлеб, а также укрепляли его стрелами, втыкая их вокруг дуба.
В животном мире с Перуном соотнесён бык, который тоже считается воплощением мужской силы. В ряде разнообразных ритуалов жертвоприношений, приношение Перуну «обещанного» быка считалось особенно важным. Свидетельство о таком жертвоприношении можно найти в приведённом выше воспоминании Прокопия Кесарийского. Более современные данные свидетельствуют о том, что в Вологодском крае первую тёмную тучу, предвещающую грозу, называют быком.