Именно пифагорейцы заложили основу «теории чисел», их учение очень ярко отражается во многих научных сферах, в том числе, и современных учёных. Ещё в XVII веке, философ и математик Лейбниц, на основе пифагорейских мотивов, описал картину мироздания посредством бинарной системы чисел – ноля и единицы. Он писал, что в многообразии созданного есть 0 и 1, где 1 – это Господь, а 0 – это «ничто». Так, единица – Господь Творец, Своей волей, воздействует на ноль – «ничто», и из этого «ничто» создаёт другие числа и, тем самым, все остальные вещи и весь мир.
В одном из своих писем, он вывел формулу, которую можно считать математическим фундаментом монотеизма, которая звучит так: «Чтобы произвести всё из Ничего, достаточно Одного». Вся окружающая нас физическая реальность с её многообразием форм и связей, указывает на её сотворённость некой «созидающей силой», которая действует направленно и в высшей степени разумно. Сложность физиологии материального мира, его уникальные свойства и сочетания, идеальная структура математических и иных законов и закономерностей, по которым осуществляются все физические процессы, указывает на то, что эта разумная, созидающая сила безгранична в своём знании и в своём умении, иначе говоря – в своём мастерстве. Тогда, если «сотворяющее» самодостаточно, и само может создавать всё, то другому «сотворяющему» нет места в этом процессе, поскольку его существование не обусловлено необходимостью, а значит оно бессмысленно и потому не существует.
Так пифагорейское учение легло в основу математического доказательства Единственности Творца, хотя, сам Пифагор, судя по всему, был приверженцем мифологического происхождения мира.
Неоплатоник III века Парфирий, писал в своих сочинениях, что Пифагор принёс в Элладу учение о переселении душ, что для эллинов было явлением небывалым. Вообще, в сознании античного человека, смерть была чем-то очень страшным. В их представлении души умерших жили в «царстве Аида» в виде теней, постоянно страдающих и мучающихся. Поэтому для грека или римлянина, смерть представлялась очень трагичным явлением, если она не была результатом какого-нибудь подвига. Новое учение Пифагора было ударом по представлению античного обывателя, оно являло собой мысль о перерождении человеческой души до тех пор, пока она не отчистится от грехов и, отчистившись, не встанет в один ряд с «богами».