В силу соподчиненного положения у субъектов организационного правоотношения отсутствует свобода выбора конкретных путей реализации своей правоспособности. Их образ поведения четко предопределен в императивных нормах, содержащих предписания и запреты. Совершенно очевидно, что и ответственность субъектов будет носить не только имущественный, но и административный характер (например, отзыв лицензии у дочерней кредитной организации иностранного банка; закрытие филиала иностранного банка). Применение субординационного метода в МБП, безусловно, следует за применением координационного, тем не менее специфика банковской деятельности как объекта правового регулирования предопределяет не только саму возможность использования первого, но и весьма существенную область для такового. Кроме того, один и тот же субъект МБП может вступать в банковские правоотношения, регулируемые различными методами. Так, правоотношения иностранного коммерческого банка с центральным банком того или иного государства по поводу открытия филиала на его территории будут регулироваться субординационным методом, а правоотношения того же иностранного коммерческого банка с коммерческим банком другого государства по поводу заключения корреспондентского соглашения между ними – координационным методом. В конечном счете выбор метода регулирования зависит от сочетания и степени выраженности в банковском правоотношении имущественных и организационных элементов.
Международный характер банковских отношений, являющихся предметом МБП, обусловливает возможность применения наряду с материально-правовым и коллизионно-правового метода. Суть последнего состоит в том, что для регулирования частноправовых отношений с иностранным элементом сначала решается вопрос о том, право какой страны должно быть к ним применимо. Это возможно лишь с помощью коллизионной нормы, которая содержит определенный критерий выбора национально-правовой системы в зависимости от связи конкретного отношения с правом того или иного государства. Материально-правовой метод исключает постановку коллизионного вопроса о выборе какого-либо национального права, поскольку существо правоотношения регулируется специально созданными материально-правовыми нормами, унифицированными в международных договорах, либо материально-правовыми нормами прямого действия, содержащимися в национальном праве.