В 1399 году Сахибкиран оставил на своем месте своего внука и наследника Мухаммада Султана, и отправился в дальнее путешествие против турецкого султана Йылдырыма Баязида. Наследный принц Мухаммад Султан исполняет обязанности губернатора Самарканда и придает большое значение строительным и благо устроительным работам в городе. Например, он начал строительство хонакох от своего имени и большого медресе напротив него руины которых мы видим на обеих сторонах комплекса.
После завоевания Дамаска весной 1401 года Амир Тимур призвал Мухаммада Султана на запад и хотел назначить его наместником завоеванных западных земель. В конце года, накануне зимы, Мухаммед-султан приехал к своему деду, зимовавшему в Карабахе, и некоторое время принимал участие в походах Тимура.
К сожалению, Мухаммад Султан внезапно заболел во время своего путешествия в Малую Азию и умер 11 шаабана 805 года (12 марта 1403 года). Безвременная кончина 27-летнего наследного принца сильно огорчила Темура.
По приказу Амира Тимура тело Мухаммеда Султана было доставлено в город Оник, близ Арзирума, в сопровождении 200 всадников. Здесь они делятся на две группы. Первая группа положив тело принца в новый гроб отправится на кладбище Хазрат Хайдар в Султании для временного захоронения. Вторая группа остается в городе Оник с пустым гробом. Этот гроб используется на поминках принца в городе Оник. Помимо присутствия самого Темура, в церемонии примут участие мать принца, сайиды и ученые из Султании, Тебриза и Казвина. В конце приносят барабан принца, разрезают на мелкие кусочки и выбрасывают.
Принц был похоронен на кладбище под названием «Кайдар Пайгамбар Мазар» в Султании. Траур был объявлен по всему королевству. Невозможно было ездить на белых конях, все были в синих и черных одеждах (может быть, если бы этот наследный принц не умер преждевременно, история Моварауннахра сложилась бы иначе и империя Тимуридов не распалась бы так быстро?!).
По словам историка Шарафиддина Али Язди, Сахибкирон Амир Тимур вернулся в Самарканд 3-го мухаррама 807 г. хиджры (12 июня 1403 г.), завершив свои победоносные походы, и высадился в Баги Чинор. Оттуда он в первую очередь отправляется осматривать медресе и ханаку, построенные Мухаммадом Султаном, покойного наследного принца (в это время шло строительство ханаки и медресе).