После восхождения Хусейна Бойкаро на престол Хорасана (1469 г.) начался новый этап в жизни и деятельности Навои, он был назначен на должности министра и губернатора Астробада (город в Иране). В течение 1480–1500 годов он построил на свои средства несколько медресе, 40 рабатов (пассажирских остановок), 17 мечетей, 10 ханака (отелей для дервишей), 9 бань, 9 мостов, 20 бассейнов. Хусейн Бойгаро дает Алишеру Навои титул «Мукарраби хазрат Султани» («ближайшее лицо Его Величества Султана»). По его словам, Навои мог вмешиваться во все дела государства.
Алишер Навои превыше всего ценил поэзию. Он никогда не переставал писать стихи. Окружающие смотрели на его работу с одобрением и уважением. В то время как первый сборник стихов великого поэта составляли его поклонники, свой первый сборник – ("Начало искусства") он написал в 1472–1476 годах по приказу и желанию правителя. В 1485–1486 годах появился второй деван – ("Бесконечные редкости"). В 1481–1482 годах Алишер Навои написал произведение «Вакфия». Вакф относится к земле или имуществу, выделенному для покрытия расходов на благое дело. Самой большой мечтой Алишера Навои было написать эпос, прежде всего, создать «Хамсу», которая стала эталоном поэтической силы после великого поэта Низами Гянджеви (1141–1209) 12 века. «Хамса» Низами, вошедшая в историю под названием «Пандж Гандж», состояла из 5 маснави (жанр персидской поэзии): «Махзан ул-асрар» («Сокровище тайн»), «Хусрав и Ширин», «Лейли и Меджнун», «Хайф Пайкар» («Семь красавиц»), «Искандарнама». Через сто лет ему ответил Хусрав Дехлеви (1253–1325). Его эпосы называются «Матла уль-Анвар» («Начало света»), «Ширин и Хусрав», «Меджнун и Лейли», «Хашт бехишт» («Восемь небес»), «Ойнайи Искандарий» («Зеркало Искандера»). Но все они были написаны на персидском языке. Их читали только персы и те, кто знал этот язык. Навои было больно, что его народ лишился такого сокровища.
Навои обращается за советом к своему учителю Абдурахману Джами. Джами побуждает Навои к скорейшему началу этой работы, укрепляет его уверенность в собственных силах и возможностях. И так Навои написал пять эпосов за два года. Он начал писать свою «Хамсу» в 1483 году и закончил ее в начале 1485 года. Если учесть рабочие дни поэта, то огромная поэма в 54 000 стихов была закончена за 6 месяцев. «Хамса» впервые создается на тюркском языке. Ученые и писатели встретили это событие бурными аплодисментами.