В столь оригинальной концепции общества, плодотворной для раскрытия его внутренней структуры, в то же время есть и немало уязвимых сторон, давно подмеченных серьезными критиками. Традиционная критика системного подхода к обществу состоит в том, что этот подход недостаточно учитывает субъектность, творческую активность и свободу воли человека, низводя его до пассивного элемента системы. Главное, по их мнению, что в рамках данного подхода невозможно объяснить социальные изменения и конфликты. Правда, в рамках функционализма была предпринята (неоэволюционистская по своей направленности) попытка перенести акцент с изучения стабильных аспектов функционирования социальных устройств на анализ процессов развития, источник которых усматривался в возрастающей структурной дифференциации, т. е. в последовательном и поэтапном усложнении социальной структуры.
Роберт Мертон (1910–2003) подверг сомнению идею Парсонса о функциональном единстве общества. Он утверждал, что реальные общества не могут рассматриваться как слаженно функционирующие и полностью интегрированные социальные системы, и показал, что в современных социальных системах наряду с функциональными наличествуют дисфункциональные и нейтральные (по отношению к системе) институты. Тем самым он выступил против постулата о функциональности любого существующего социального института. Отсюда следовал вывод о необходимости в равной степени анализировать как функциональные, так и дисфункциональные последствия элементов культуры. Степень интеграции в различных обществах различна. Мертон выразил несогласие и со взглядом Т. Парсонса на общую систему ценностей как предпосылку устойчивого и гармоничного состояния общества. Отношения между системой ценностей и социальной структурой общества весьма сложны. В силу разнородности общества в нем присутствуют разные системы ценностей. Это и приводит общество к конфликтам, подрывающим устойчивость нормативной структуры общества. Отсюда в обществе как социальной системе возникают явления дезинтегрированности ценностно-нормативных стандартов, или аномия. Под аномией Р. Мертон подразумевал социальные ситуации, не соответствующие определяемым культурой целям (например, организованная преступность в США в период Великой депрессии 1930-х гг., или, добавим, в 1990-е и 2000-е гг. в России). Аномия означает низкую социальную сплоченность как результат распада нормативного и ценностного согласия [Мертон, 1966, с. 299–313].