Когда Анаксагор (500—428) писал свой трактат о природе, он был знаком не только с учением Эмпедокла, но и с атомизмом Лейциппа и соглашался с обоими в том, что материальные субстраты вечны и качественно неизменны, то есть что все творение и все изменения основаны исключительно на смешении и разделении основных веществ. Вместе с Лейциппом против Эмпедокла он допускает бесконечное число (а не только четыре) различных материальных составляющих; вместе с Эмпедоклом против Лейциппа он ищет различие конечных первичных субстанций в их качественной природе (а не только в количественной) и придерживается их бесконечной делимости. Вместе с Анаксимандром и Эмпедоклом он предполагает хаотическое первобытное состояние, то есть такое, в котором все первоматерии тесно перемешаны, и ищет мировой процесс в постепенном разделении разнородного и объединении однородного, при этом, с одной стороны, как и у Эмпедокла, остается неразделенный остаток, а с другой – материальная однородность ни в одной вещи не является полной. Напротив, в каждой вещи, несмотря на преобладание одной или нескольких конкретных первичных субстанций, все же присутствуют следы всех бесконечно многих первичных субстанций. Следует признать, что эти сходные элементарные первичные субстанции Анаксагора (названные им χρήματα, σπέρματα или ίδέαι, т. е. вещи, семена или идеи, позднее – другими гомеомериями) ближе к современным химическим элементам, чем к четырем элементам Эмпдокла.
Во всех этих определениях Анаксагор остается чистым физиком, как и в более подробной реализации своей космогонии, который не пытается ничего иного, кроме физических объяснений в соответствии с механическими принципами, даже если он отклоняется от своих предшественников в некоторых пунктах своих физических гипотез. Но не в этом заключается его влияние на дальнейшее развитие философии, а в установлении метафизического принципа наряду с физическим, и оно не уменьшается от того, что он сам еще не знает, как правильно использовать этот принцип, а фактически ограничивает его применение первоначальным импульсом для начала физического процесса разделения. Такой второй принцип в дополнение к субстанции кажется ему необходимым для того, чтобы придать частицам материи движение, которое они не могут получить сами от себя. То, что он определяет движущую причину как разумный дух (νούς), оправдано тем, что движение, порождающее такое прекрасное и целеустремленное целое, как мир, должно быть представлено как упорядоченное.