Экипаж тщательно проверял сложные системы, убеждаясь, что каждый компонент, от гидролокационной системы до двигательной установки, работает с максимальной эффективностью. Когда последние приготовления были завершены, массивные стальные двери перед подводной лодкой с грохотом распахнулись, открыв узкий проход в открытое море. Тип 093 бесшумно скользнул в воды Южно-Китайского моря, его гладкий корпус рассекал волны с минимальными помехами.
Погрузившись на глубину 20 метров, экипаж субмарины полагался на свои передовые сенсоры и навигационные системы для ориентирования в коварном подводном рельефе Южно-Китайского моря. Безэховое покрытие корабля, предназначенное для поглощения и рассеивания волн гидролокатора, делала его практически невидимым для вражеских кораблей.
Во время плавания по Южно-Китайскому морю экипаж не терял бдительности, постоянно отслеживая потенциальные угрозы и соблюдал строгое радиомолчание. Современная силовая установка субмарины позволяла ей двигаться под водой со скоростью более 30 узлов, обеспечивая быстрый переход через регион.
За 30 миль до Малаккского пролива лодка встретилась с транспортом, перевозившим оружие в Судан, после чего они вошли в относительно небольшой район на входе в пролив, где сосредоточилось движение огромного количества судов. Через пролив проходило более 94 000 судов в год, это был, вероятно, самый оживленный судоходный путь в мире, и подлодке приходилось лавировать между крупными торговыми судами и танкерами, а также множеством небольших рыболовецких судов и траулеров. Дополнительную опасность представляли мелководье и коралловые рифы, самая маленькая глубина там составляла всего 16 метров. Высокий уровень шума, создаваемый судоходством, затруднял подлодке распознавание конкретных акустических контактов.
Подводная лодка типа 093 продолжала движение по поверхности со скоростью 20 узлов, достаточной для следования за транспортом. На второй день пути в проливе, недалеко от сужения после Сингапура, ночью оператор радара подлодки увидел на экране правого борта быстрое пятнышко, движущееся от берега к транспорту. Транспорт также увидел цель и, как и было заранее оговорено, включил мощные прожекторы, когда пиратское судно находилось в 200 метрах от него. Пулеметчики в рубке подлодки хорошо видели пиратскую лодку в очках ночного видения, они открыли огонь после того, как включились прожекторы. Лодка загорелась. И транспорт, и подлодка продолжили движение, не снижая скорости. Через четыре дня, убедившись с надводного положения, что транспорт благополучно вошел в порт Порт-Судана, капитан отдал команду "Приготовиться к погружению", и подлодка повернула обратно в Индийский океан, для патрулирования вдоль восточного побережья Африки.