Множество вариантов "благой вести", постоянные споры между проповедниками поставили перед христианами задачу отбора из всей литературы тех книг, которые почитались бы основными источниками христианского вероучения. Так ортодоксальное христианство сделало свой выбор в пользу четырех Евангелий – от Матфея, Марка, Луки и Иоанна. Остальные Евангелия были причислены к апокрифам – текстам, которые по мнению ортодоксального христианства либо нельзя доверять, либо можно, но не всем. Сам термин «апокриф» в переводе на русский означает «тайный», «сокровенный», «сакральный». В отличие от ортодоксального христианства в гнозисе принято доверять не только текстам каноническим, но и многим апокрифическим. Причем в гнозисе принято доверять далеко не всем каноническим книгам. К примеру, послания Павла в гнозисе не являются авторитетными, несмотря на то, что Павел имел посвящение в гнозис.
Процесс отбора христианских книг, которые должны образовать "новый" (по сравнению с Ветхим) завет, был процессом сложным не только потому, что отдельные группы общин почитали разные писания, но и потому, что наряду с резко расходившимися по вероучению текстами были писания, восходившие к обшей традиции, но отличавшиеся передачей отдельных эпизодов и интерпретацией отдельных речений Иисуса. Кроме того, когда сложились основные Евангелия, ставшие хорошо известными верующим, и их переработка (или, вернее, редактирование при переписке) могла сводиться только к изменениям отдельных деталей, стали создаваться самостоятельные произведения, как бы дополняющие древнюю традицию: описания детства Иисуса, жизнеописание его матери, описания деяний отдельных апостолов, упомянутых в евангелиях,– Петра, Павла, Филиппа, Андрея и др. Последние были особенно многочисленны в связи с тем, что во II в. наиболее значительные христианские общины начинают связывать свое происхождение с деятельностью непосредственных учеников Иисуса: община Рима якобы ведет свою родословную от Петра, община Эфеса – от Иоанна. Отношение к подобным произведениям было различным. Некоторые христианские теологи и апологеты христианства
рубежа II – III вв., принимавшие в качестве основных источников вероучения четыре канонических евангелия, ссылались как на авторитет и на другие священные книги. Так, Ориген использовал Евангелие от Петра и "Книгу Иакова", содержащую историю детства и замужества Марии, цитировал Евангелие евреев и "Деяния Павла", только с оговоркой, что их нельзя ставить в ряд с четырьмя евангелиями. Встречаются цитаты из неканонических произведений и у Климента Александрийского. В то же время продолжали вызывать сомнения у ряда богословов те произведения, которые вошли впоследствии в Новый завет, прежде всего Апокалипсис Иоанна и анонимное Послание к Евреям, которое сам автор назвал "словом утешения" (или "увешевания".– 13.22). Тертуллиан не упоминал среди священных книг Второе послание Иоанна; Ириней – Послание Иуды.