Полимеразная цепная реакция стала неотъемлемой частью решения почти всех задач, связанных с ДНК. При этом сама она обеспечивается совмещением биологических редкостей (вроде термофильных микроорганизмов) с физическими универсалиями (вроде такого фазового перехода, как плавление), хотя по отдельности они могут казаться слабо связанными с практическими задачами. Кроме того, ПЦР наглядно подкрепляет тезис, ключевой для многих современных технологий и природных процессов: ДНК – это не просто код, не какая-то абстракция, а вполне осязаемый физический объект. Руководствуясь прежде всего принципами самосборки и прогнозируемой случайности, мы можем обосновывать и даже изобретать методы работы с этой важнейшей молекулой.
Мы зададимся еще множеством вопросов о ДНК: сколько ее у нас? как она хранится, упорядочивается и декодируется в наших клетках? как мы можем изменять свой геном (или геном нашего будущего ребенка)? Эти вопросы связывают друг с другом физические свойства и биологические функции. Но чтобы ответить на них, нам нужно познакомиться с другим ключевым игроком на клеточной арене – белком. В следующей главе мы узнаем, что такое белки и как они взаимодействуют с ДНК.
Глава 2. Белки: молекулярное оригами
В основе почти любого действия или события в вашем организме лежит белок. Белки в красных кровяных тельцах обратимо связывают кислород из воздуха, которым вы дышите. Одни белки тянут за собой другие, обеспечивая сокращение ваших мышц. Белки вытягивают и втягивают выпячивания, с помощью которых клетки иммунной системы протискиваются сквозь ваши ткани. Одни белки в ваших глазах улавливают свет и порождают электрические импульсы, а другие открывают и закрывают шлюзы, направляя эти импульсы в ваш мозг. Множество разных белков содержится не только в клетках, но и за их пределами, придавая, например, прочность и эластичность вашим тканям. Но что же такое белки?
Как и ДНК, белок – это молекула, состоящая из выстроенных в цепь простых единиц. В ДНК простейшим звеном может выступать любой из четырех нуклеотидов, а в белке – любая из 20 аминокислот. В каком бы порядке ни располагались нуклеотиды в цепи, двухцепочечная ДНК всегда укладывается в двойную спираль. Структура белков, напротив, определяется их аминокислотной последовательностью. Каждый белок имеет характерное лишь для него расположение аминокислот, а следовательно, и отличную от других трехмерную форму. Схемы и инструменты для постройки белка закодированы в нем же. В белках, пожалуй, ярче всего проявляется принцип самосборки, подразумевающий, что природа кодирует инструкции по организации вещества в самом веществе, затем они активируются и выполняются универсальными физическими силами. Самосборка характерна не только для живых организмов – насыпаемый песок, например, собирается в конусы, наклоненные под определенными углами, а мыльные пузыри оформляются в сферы, – но в биологии она вездесуща. Изучая белки, мы увидим, как силы порождают формы, как этот процесс увенчивается успехом и все же иногда с треском проваливается и как тяжело компьютерам даются геометрические расчеты, с которыми молекулы справляются за микросекунды.