Она родилась 25 марта 1925 года в городе Саванна, штат Джорджия, в религиозной семье. Несмотря на то, что сама она исповедовала католицизм, все её персонажи, – преследуемые испытаниями и обретающие спасение, – протестанты. Она читала много книг по теологии, поскольку верила, что это придаст ей смелости в творчестве.
В детстве она каждое воскресенье посещала проповеди, а по возвращении домой шила наряды для своих цыплят и мечтала стать карикатуристом. Фланнери росла в годы Великой депрессии, что тоже не могло не повлиять на её жизнь. Тяжелая экономическая ситуация привела к трудностям в бизнесе недвижимости её отца. Семья вынужденно перебралась в Атланту, но адаптация на новом месте шла тяжело. Это сказывалось на здоровье кормильца. В 1937 году у отца диагностировали аутоиммунное заболевание – красную волчанку. В феврале 1941 года Эдвард О’Коннор умер в возрасте сорока пяти лет от изнурительных последствий своей болезни. Вдова Реджина Клайн вместе с единственной дочерью обосновались в Милледжвилле, штат Джорджия, – городе, где она сама родилась, и где проживали родители и многочисленные родственники. Фланнери закончила там колледж, а потом уехала в Университет штата Айова изучать писательское мастерство. Она сразу знала, кем хочет стать.
Пол Энгл, руководитель курса, вспоминая первую встречу в 1946 году с мисс О'Коннор, рассказывал, что из‐за южного акцента он не смог разобрать ни слова. «Смутившись, я попросил её записать в блокнот то, что она только что произнесла». Тогда она написала: «Меня зовут Фланнери О’Коннор. Я не журналист. Могу ли я поступить на курсы писательского мастерства?»
Желание стать писателем было настолько сильным, что, по свидетельству того же Энгла, светился даже стул, на котором она сидела в дальнем углу аудитории. Её ироничный взгляд на американскую действительность проявлялся достаточно мрачными сюжетами, которые изрядно пугали её сокурсников. Впоследствии, когда книжные обозреватели будут пенять ей на это, она с улыбкой произнесет: «Когда я вижу, что мои рассказы описывают как историю ужасов, меня это всегда забавляет, потому что рецензенты всегда видят не тот ужас».
Ещё в первый год учебы в Айове популярный альманах «Accent» опубликовал её рассказ «Герань». Вскоре после получения в июне 1947 года степени магистра изящных искусств в области литературы О’Коннор продала рассказ «Поезд» старейшему американскому журналу «