Несмотря на все ограничения, балетмейстер продолжал работать с тем же напором. В Кишиневе, где нацисты истребили все еврейское население, он поставил серию еврейских танцев для молдавского народного ансамбля. Их исполнение должно было помочь сохранить «исчезающую культуру». В этой серии он использовал особую технику, вдохновленную танцами Айседоры Дункан, которым еще продолжали обучать в Москве в конце 1940-х годов. Но самым важным его проектом в 1950-х годах, несомненно, был балет «Спартак». Спектакль этот был поставлен по либретто, написанному Н. Д. Волковым, а музыку сочинил А. И. Хачатурян – композитор, лично дирижировавший балетом в течение почти десяти лет. Это был по-настоящему значимый заказ, получить который Якобсону удалось лишь после того, как в 1953 году умер Сталин, а позже директором театра имени Кирова стал Ф. В. Лопухов.
Хотя «Спартак» и пользовался успехом на родине, за рубежом его ожидал провал. Именно этот спектакль открыл сезон гастролей Большого театра в Нью-Йорке в 1962 году, и тут же он оказался встроен в дискурс холодной войны. Алан Хьюз из газеты «New York Times» и Уолтер Терри из «New York Herald-Tribune» моментально набросились на постановку, назвав ее скучным помпезным зрелищем с безумной хореографией. Якобсон был подавлен – ведь ему впервые разрешили покинуть пределы Советского Союза. Он не был в Нью-Йорке с 1920 года и надеялся укрепить, благодаря американским овациям, свое шаткое положение на родине. Теперь же его мучители получили в руки козырь. В тот день, зайдя в гримерку Майи Плисецкой в старой доброй «Метрополитен-опере», Якобсон расплакался.
Во время оттепели, последовавшей за смертью Сталина, общество получило чуть больше интеллектуальной и художественной свободы. Была издана книга А. И. Солженицына «Один день Ивана Денисовича» (1962), в концертных залах и на сцене стали звучать произведения ранее запрещенных композиторов. Историки обратились ко вновь разрешенному периоду модернизма; а Леонид Якобсон поставил «Клопа» (1962) – балет на тему сатирической пьесы героя своей юности, великого поэта В. В. Маяковского. Еще через два года балетмейстер решает заняться темой первых советских лет и ставит балет «Двенадцать» по мотивам одноименной поэмы А. А. Блока, написанной в 1918 году. В обоих произведениях Якобсон использует новую пластику, он наполняет танец настоящей искренностью, а также жестокой иронией, вдребезги разбивающей представление о том, что балет – это сугубо академический жанр. Однако оба спектакля были восприняты как ярая антисоветчина, высмеивающая революцию и нападающая на бюрократов и культурное руководство. «Двенадцать» сняли сразу же после премьеры, а балет «Клоп» Якобсону все же удалось показать еще один раз, но уже силами своей собственной труппы и лишь после бесконечного препирательства с цензорами.