Новый тяжелый удар был нанесен религиозному чувству Анни в 1871 году, когда ее дети заболели коклюшем. Ее дочь Мэйбл от рождения обладала слабым здоровьем, и ее болезнь перешла в бронхит, а потом в воспаление легких. Несколько недель жизнь ребенка висела на волоске; лечивший ее врач прямо сказал Анни, что не надеется, что ребенок выживет. Анни предпринимала героические усилия, день и ночь не отходя от кроватки опасно больной дочери, и в конце концов победила – правда, ценой собственного здоровья. Однако это страшное жизненное испытание перешло в душевный кризис, главной причиной которого стало сомнение в непогрешимости догматов англиканской религии.
В своей «Исповеди» Анни Безант писала: «Первый роковой удар моей вере в милосердие Бога нанесен был в длинные месяцы страданий, достигших кризиса в кажущейся безцельности мучений моей малютки. (…) Существование зла и страдания в мире, страдания таких невинных существ, как мой семимесячный ребенок, мир, переполненный горем, вечныя страдания в аду – все это, не уничтожая еще во мне окончательно веры, приводило меня в отчаяние.
(…) Но раз открыв глаза на то, что мир представляет из себя в действительности, узнав, как велики страдания людей, как безжалостно природа и жизнь топчет человеческое сердце, не делая различия между невинным и виновным, я была слишком потрясена, чтобы поддаться доводам, обращенным исключительно к чувствам и оставляющим разум неудовлетворенным».
В итоге этот суровый жизненный опыт превратил ее, по ее собственным словам, «из верующей последовательницы англиканскаго учения в атеистку».
Обладая исключительно цельной, искренней, принципиальной натурой, Анни не хотела больше делать вид, что по-прежнему разделяет догматы англиканской церкви. К тому же ее здоровье после долгой болезни, явившейся, в свою очередь, следствием колоссального физического и психологического стресса, вызванного смертельно опасной болезнью дочери, полностью так и не восстановилось после 1871 года. Анни прекратила посещать церковь и выполнять требуемые религией обряды. Но в ту эпоху жена пастора обязана была разделять его веру и при этом быть примерной христианкой, то есть регулярно присутствовать на богослужениях. Один из родственников мужа Анни, Франка Безанта, убедил его в том, что уклонение его жены от присутствия в церкви ведет к самым разным толкам, и если взгляды его жена станут известны, это приведет к краху его служебной карьеры и социального положения. И в 1873 году муж выставил Анни ультиматум: либо она будет вести себя так, как положено христианке (тем более – жене пастора), и посещать богослужения, либо он просто выгонит ее из дома. Анни не пожелала лицемерить, и в 1873 году ее брак с Безантом был расторгнут.