Особое значение имело приобретение после марта 1990 года собственного фактического руководства крупнейшей республикой Советского Союза – РСФСР (ранее имелись лишь институционально слабые формальные советские органы РСФСР, де-факто республикой напрямую управляло руководство ЦК КПСС, так как своей компартии РСФСР не имело). 29 мая 1990 года председателем Верховного Совета РСФСР был избран смещенный в 1987-м с поста первого секретаря Московского горкома КПСС Б. Н. Ельцин (с третьей попытки, набрав 535 голосов против 467 голосов за председателя Совета министров РСФСР А. В. Власова). 12 июля 1990 Б. Н. Ельцин вышел из КПСС. Таким образом, прежняя фактическая личная уния высшего руководства СССР и РСФСР исчезла. Неудивительно, что в борьбе за усиление своей политической субъектности новое руководство РСФСР конкурировало в первую очередь с руководством СССР. Поэтому главным направлением реформы, в котором были едины представители практически всех политических сил, вовлеченные в деятельность российских органов власти, стала борьба за утверждение суверенитета республики. Кроме того, для достаточно весомой демократической части российских властных структур важную роль играло стремление избавиться от руководящей роли структур компартии. Эти два мотива оказались взаимосвязаны, поскольку до середины 1990 года КПСС не имела собственно российского отделения, поэтому партийное руководство в отношении новой российской власти означало бы фактически опеку со стороны тесно связанных с КПСС союзных структур. Когда же в июне 1990 года была создана Коммунистическая партия РСФСР (КП РСФСР), в ее руководстве преобладающее влияние получили представители консервативного крыла партии (возглавил КП РСФСР первый секретарь Краснодарского крайкома И. К. Полозков), что лишь усилило стремление российского руководства к избавлению от партийного диктата.
12 июня 1990 года Первый Съезд народных депутатов РСФСР принял Декларацию «О государственном суверенитете РСФСР»[12], в которой провозглашался суверенитет народа, разделение властей, гарантии прав и свобод граждан, демократическое и правовое устройство государства, равноправие всех партий и общественных организаций. Декларация также объявила приоритет российских законов перед союзными. Съезд внес изменения в Конституцию РСФСР, при этом, в отличие от союзной Конституции, из российской было полностью удалено упоминание о компартии. Перед самым закрытием Съезд принял за основу постановление «О механизме народовластия в РСФСР», содержащее запрет на совмещение партийных («любых» других должностей, в том числе в политических или общественно-политических организациях) и государственных должностей. Таким образом, первых секретарей организаций КПСС, одновременно председательствовавших в Советах, поставили перед двойным выбором: между подчинением и неподчинением российскому Съезду; а также, в случае согласия подчиниться, между двумя должностями. В результате большинство партийных лидеров тогда предпочло не подчиняться и остаться председателями советов, но некоторые сложили полномочия первых секретарей или отказались от председательства в совете. В целом это также работало на разрушение личных взаимосвязей партийного и советского руководства.